Последние годы Л’Иль-Адама тревожило недовольство и даже непокорность молодых рыцарей. Они считали Мальту скучной и непривлекательной и были слишком молоды, чтобы понять, как повезло ордену иметь свой дом. Л’Иль-Адам умер в Мдине в 1534 году, через четыре года после прибытия на Мальту. Это был воистину блестящий великий магистр, таких в долгой истории ордена было немного.
Среди его непосредственных преемников самым значительным был испанец Хуан де Омедес, правивший с 1536 до 1553 года. При нем фортификация Биргу начала обретать реальные формы. Итальянский военный инженер Антони Феррамолино был послан на Мальту Карлом V, чтобы принять участие в реконструкции старой рыбацкой деревни и ее превращении в крепость. Феррамолино немедленно указал, что вся территория расположена очень низко и над ней господствует известняковый хребет горы Скиберрас, который ограничивает с севера вход в Большую гавань. Феррамолино посоветовал Омедесу перевести конвент на высоту и там построить новый город.
Великий магистр, безусловно, понял разумность доводов инженера, но почти ничего не мог сделать, поскольку стоимость постройки нового укрепленного города была заоблачной и превосходила возможности ордена. Ему пришлось довольствоваться тем, что поручил Феррамолино укрепить существующие оборонительные сооружения вокруг Биргу. Главным из них был форт Сант-Анджело, который был преобразован в мощный укрепленный пункт. Феррамолино возвел большой кавальер, откуда пушки могли вести огонь по входу в Большую гавань. Их огонь доставал до того места, где гора Скиберрас уходила в море. Другое радикальное усовершенствование – гигантский ров через полуостров, отрезавший крепость от города Биргу. Теперь в Сайт-Анджело можно было попасть только по подъемному мосту. Крепостной ров, таким образом, появившийся между крепостью и Биргу, также был удобен для галерного порта, напоминавшего Мандраккьо в миниатюре. Позже фортификационные сооружения для защиты Большой гавани строились испанским инженером Пьетро Фардо и графом Строцци, приором Капуа. На морском конце соседнего полуострова был построен форт в форме звезды, названный Л’Исла, впоследствии Сенглеа (в честь великого магистра де ла Сангля). Этот форт, названный в честь святого Михаила, обеспечивал дополнительное прикрытие Большой гавани и усиливал огонь Сайт-Анджел о.
Самым важным сооружением тех лет было строительство еще одного форта в форме звезды у подножия горы Скиберрас. Он доминировал над входом в Большую гавань, а также над входом в другую гавань Марсамускетто, расположенную к северу от полуострова. Форт, получивший название в честь святого покровителя мореплавателей святого Эльма, расположился на том месте, где раньше стояла небольшая сторожевая башня. Вероятно, там же раньше был маяк. Мальтийское название полуострова, Скиберрас, в буквальном переводе означало «Свет на мысе». В ходе строительных работ, которые активно велись первые 20 лет пребывания рыцарей на острове, был обнаружен один важный факт: мальтийцы оказались удивительно умелыми каменщиками. Хотя фортификационные сооружения проектировали военные инженеры и самые тяжелые работы выполнялись рабами, в основном каменщиками были мальтийцы. Живя на каменистом острове, где никто и не помышлял о постройке дома из дерева, они стали лучшими каменщиками – и резчиками по камню – в мире. В этом им помогала мягкость островного известняка, который можно было легко резать на блоки, но который после нескольких лет пребывания в соленой атмосфере покрывался толстой твердой коркой. Другой вид мальтийского известняка был очень твердым. Из него получался великолепный материал для наружных оборонительных сооружений, поскольку создавал поверхность, отлично противодействующую ядрам.