Мустафа желал, чтобы Мальта стала только его триумфом, доказательством его таланта армейского командира и местью рыцарям за неудачу на Родосе, когда он навлек на себя гнев султана и едва не лишился жизни. Пияле, наоборот, был человеком молодым, которому султан доверил величайший флот, который когда-либо выходил из бухты Золотой Рог. Он чрезвычайно гордился этим и хотел поставить корабли в гавань, где он будет уверен в их безопасности. Поскольку Большая гавань находилась под обстрелом пушек фортов Святого Эльма и Сант-Анджело, молодой адмирал решил, что Марсамускетто, что к северу от горы Скиберрас, вполне подойдет для стоянки флота во время кампании. Его мотивы были в принципе разумны, но рассуждения ошибочны. Не зная погодных условий Центрального Средиземноморья в летние месяцы, он ожидал такой же погоды, как в Эгейском море. Знай он, что нет смысла ждать более-менее сильного ветра с севера или северо-востока до самого сентября, он оставил бы флот там, где он был. Однако, к счастью для рыцарей и мальтийцев, он настоял, чтобы флот султана был размещен в Марсамускетто. А это значило, что прежде всего надо захватить форт Святого Эльма.
Базовый лагерь турок находился в районе Марса в конце Большой гавани, где имелись источники пресной воды (которые уже были загрязнены по приказу великого магистра). Этот район, находившийся на равном расстоянии между городами Сенглеа и Биргу на юге и фортом Святого Эльма, казался разумным местом, откуда можно было действовать против разделенных целей. Со склонов, находившихся сразу за районом Марса, можно было вести наблюдение за Большой гаванью. Мустфа-паша выслал вперед инженеров, чтобы те составили для него полный отчет об оборонительных сооружениях форта. Отчет его порадовал. В нем было сказано: «Это бастионная система укреплений с четырьмя главными выступами. Фронтальная часть, которую мы будем штурмовать, выполнена в бастионном виде. Кавальер, возвышающийся ближе к морю, отделен от форта рвом. Есть также небольшой равелин. Оба эти внешние сооружения связаны с главным фортом, одно – подъемным мостом, другое – обычным». Это был простой и старомодный тип форта, похожий на многие захваченные войсками султана в других частях Европы.
Немедленно началась подготовка по транспортировке большей части артиллерии вдоль длинного каменистого полуострова, так, чтобы пушки могли быть установлены на хребте горы Скиберрас (где сейчас находится город Валетта). Самая большая трудность, которая мешала туркам на этой стадии операции, – рытье траншей для защиты войск и орудий. На хребте полуострова почти не было земли, и людям приходилось, словно муравьям, таскать землю и фашины в Марсу для постройки оборонительных сооружений. Отвлечение главных турецких сил для нападения на форт Святого Эльма дало ла Валетту время, чтобы внести дополнительные усовершенствования в фортификацию, продолжить подготовку бомб из греческого огня и еще раз проверить эффективность обороны двух мальтийских городов. Он, вероятно, знал, что форт Святого Эльма долго не продержится против сильного натиска. Но турецкое командование, решив первым атаковать изолированный форт Святого Эльма, дало всем остальным оборонительным сооружениям острова полезную передышку. Дополнительная насыпь была сооружена над кавальером форта Сант-Анджело, так что туда можно было поставить еще две тяжелые пушки и держать под огнем турецкие позиции на горе Скиберрас. Днем и ночью рабы, солдаты и граждане Мальты трудились над укреплением слабых мест в обороне. А в подземных камерах без перерыва работали пороховые мельницы и к уже установленным пушкам подносили запас ядер. Форт Святого Эльма стал ключом к Мальте. Чем дольше он продержится, тем больше шансов, что гарнизон и остров уцелеют.