В отличие от Родоса, где был только один укрепленный город – цель атаки, Мальта заставила турок диверсифицировать свои усилия. Им противостоял не только форт Святого Эльма на краю горы Скиберрас, но также Биргу и Сенглеа и расположенная немного севернее древняя столица Мдина, возвышающаяся на холме во всем своем древнем величии. Ни один из этих объектов не был так хорошо укреплен, как город Родос, в котором строительство фортификаций велось веками. В то же время для турок непредвиденная сложность заключалась в том, что укрепленные пункты располагались в разных частях острова, только Биргу и Сенглеа были рядом.
Большой ошибкой турецкого верховного командования, которая стала очевидной в ходе осады, было то, что они не сосредоточили войска прежде всего на старом и плохо укрепленном городе Мдина. Там был слабый гарнизон, и рыцари использовали его в основном как базу для своей кавалерии, откуда они нападали на отряды турецких фуражиров. Сконцентрируйся турки на Мдине, они смогли бы отрезать главные позиции в Большой гавани от всех связей с севером, а север – это контакт с Сицилией. В действительности ла Валетт на протяжении всей осады отправлял гонцов мимо Мдины на Гоцо, откуда они преодолевали в маленьких открытых лодках 70 миль и попадали в Сиракузы. Этот постоянный контакт с друзьями, хотя за все время от них прибыл лишь небольшой отряд, тем не менее поддерживал моральный дух. В отличие от Родоса, от которого Европа казалась бесконечно далекой, на Мальте рыцари всегда знали, что потенциальная помощь рядом. До нее всего несколько часов пути. Кроме того, в районе Мдины были естественные источники, а земля вокруг – самая плодородная на Мальте. Эти две вещи захватчики могли использовать.
Вся тяжесть первой турецкой атаки пала на пост Кастилии, что на сухопутном конце Биргу. Из-за его открытости со всех сторон Биргу был лучше всех укреплен. Решение Мустафы произвести первую пробу сил именно в этом месте было обусловлено исключительно мужеством рыцаря, захваченного в одном из ранних столкновений. Это был Адриен де ла Ривьер из французского ланга, который под пытками заявил, что для быстрой победы Мустафа должен первым атаковать именно пост Кастилии, являвшейся слабым местом в обороне. Только после катастрофической неудачи первой атаки, в которой сотни турок лишились жизни, стало очевидно, что рыцарь солгал. Его забили до смерти. Турки отступили в свой лагерь, и командиры стали решать, что делать дальше.
Поскольку два низко лежащих мыса Биргу и Сенглеа можно было держать под обстрелом с высоты, располагавшейся к югу от них, а Биргу – еще и с прилегающего полуострова на востоке (где гора Санта-Маргерита господствовала над всем регионом), было бы логично сосредоточить все силы на этих двух направлениях. В конце концов, именно здесь находились основные позиции рыцарей, и только здесь их можно было разгромить. Причина, по которой турки не приняли этот план действий, самый разумный, если уж они не избрали лучший – захват Мдины и оккупация северной части острова, – заключалась в расхождении мнений и даже открытой враждебности командования армии (Мустафа-паша) и флота (Пияле-паша).