По окончании литургии преосвященным отслужена была панихида, в которой участвовали сорок священнослужителей, все в белых парчовых ризах. В конце панихиды, после 9-й песни канона, помянутый выше академик, отец иеромонах Григорий, с благословения преосвященного, обратился к почившему старцу с кратким прощальным словом187, в котором высказал последнее ему приветствие от лица всей Московской духовной академии, коснувшись его подвигов в пустыни, бесчисленных добродеяний ближним, заслуженного почившим прославления на земле и удивления ему от всех, его знавших. Свое слово юный проповедник заключил земным поклонением усопшему старцу.
После панихиды гроб почившего поднят был на руки священнослужителями, и в преднесении святых икон и хоругвей погребальное шествие направилось к приготовленной могиле. За гробом следовал преосвященный в полном архиерейском облачении с прочими священнослужителями. Печальный похоронный перезвон, сливаясь с пением погребальных песнопений, сопровождал тело свято почившего старца к месту его упокоения.
При жизни покойный старец Амвросий, благоговея перед своим духовным наставником старцем Макарием, нередко имел обыкновение говорить: «Великий человек был батюшка отец Макарий! Вот привел бы мне Господь хоть у ножек его лечь». Посещавшие Оптину пустынь, без сомнения, помнят близ юго-восточной стены летнего Введенского собора, слева от дорожки, белую часовню над могилой старца отца Макария. Рядом с этой часовней и приготовлена была могила для новопреставленного старца Амвросия. После заупокойной литии, совершенной владыкой, и по возглашении почившему вечной памяти гроб опущен был в приготовленный в могиле осмоленный ящик, который и закрыт был особой крышкой. Владыка первый бросил горсть земли в могилу, а затем около нее была такая теснота и давка от множества народа, что многим из священнослужителей не пришлось и земли бросить на гроб. После над ним сделаны были своды. И вот появилась наконец новая свежая могила, в которой сокрыто драгоценное сокровище, сосуд Божией благодати, храм великой и святой души — многотрудное тело старца иеросхимонаха, батюшки отца Амвросия! Припомним при сем, что, как выше упомянуто, старец Амвросий, пламенно при жизни молившийся, побуждавший и присных своих молиться усердной Заступнице рода христианского, перед Ее святой иконой, названной им «Спорительницей хлебов», заповедал им праздновать Ей 15 октября. В этот же день и тело его предано было земле. Замечательное совпадение.
«Когда батюшку схоронили, — замечает один наблюдатель из светских лиц, — кто-то из ближайших к нему монахов стоял у могилы, сложив руки на груди крестообразно и опустив в нее глаза. Все отправились в трапезу. Прошло часа два времени. Тот же монах все еще стоял в том же самом положении у могилы батюшки».