Как писал в своей записке «Об условиях деятельности русской политической полиции» Рачковский от 27 мая 1902 года, некоторые сотрудники летучего отряда «до крайности избалованы, проникнуты каким-то артельным коммунным духом, никого из местных властей не признают, смотрят на начальников ГЖУ свысока, подчас дерзки и заносчивы, при столкновении с местными агентами стараются выставить свое превосходство, хвастаются своими делами и значительными денежными средствами, издеваются над своими провинциальными товарищами и поселяют в них завистливое недоброжелательство, что сильно деморализует местных агентов, состоящих в большинстве случаев из жандармских унтер-офицеров, получающих грошовое содержание и суточные».
В октябре 1902 года была разработана «Инструкция филёрам Летучего отряда и филёрам розыскных и охранных отделений». Она состояла из 21 пункта и авторами ее были Зубатов и Медников (см. п.1.7). Ею пользовались вплоть до 1907 года, когда она была заменена двумя новыми инструкциям.
Однако в 1902 году при реорганизации системы политического сыска и создании розыскных пунктов отряд при Московской «охранке» был расформирован, основная часть личного состава была распределена по новым розыскным пунктам, а 20 квалифицированных сотрудников вошли в состав отряда, образованного при ДП.
В 1902 службу реорганизовали, передав по частям в губернские охранные отделения, а оставшийся костяк в количестве 20 сотрудников во главе с Медниковым сделался как бы резервом ДП, «став своеобразным контролирующим и методическим органом всего наблюдательного дела Российской империи». В случае необходимости его люди были готовы в любое время выехать в любую точку.
На его содержание — зарплату сотрудникам, командированным в различные города и губернии, проездные, квартирные, суточные расходовалось почти 38 тысяч рублей в год. Сумма в те годы весьма существенная. Филёрская служба требовала большой расторопности, сообразительности, выдержки, находчивости и самоотверженности.
В период революции 1905 года на отряд при ДП были возложены новые обязанности и выросли расходы, отпускаемые на его содержание. 28 марта 1906 года в одной из докладных записок ДП отмечалось, что содержание отряда стоит дорого и что «существование его является ненормальным и не соответствующим назначению Департамента полиции как центрального учреждения».
На содержание самих филёров ДП — 20 человек — тратилось 13860 рублей, а на их командировки (их было довольно много) — 24599 рублей. В 1905 году было дополнительно получено 887 рублей, а заведующий Отрядом Медников получал 6 тысяч рублей в год. Общая сумма расходов 45347 рублей, не считая наградных. В 1905 году было израсходовано 6649 рублей специального кредита, что в общем составило 51996 рублей.