Происхождение Нефертити в точности не известно. Бытовало мнение, что она — иноземная царевна, присланная в жены фараону из могучего государства Митанни на среднем Евфрате. При этом обращали внимание на ее имя, поскольку по-египетски «Нефертити» означает «Прекрасная пришла».
Действительно, при фараоне Аменхотепе III, на 30-м году его правления, митаннийский правитель Тушратта отправил в Египет свою очень молоденькую и чрезвычайно красивую дочь. Полагали, что она очаровала не только престарелого фараона, но и его юного сына, наследника трона, впоследствии царя-реформатора Аменхотепа IV (Эханатона).
Первоначально эта версия признавалась правдивой, но затем нашлись убедительные контраргументы. Во-первых, законной царицей Египта могла стать только особа царской крови местного происхождения. Во-вторых, имя «Нефертити» носили многие коренные египтянки той поры.
Но решающую роль в этом споре сыграли антропологические исследования, которые неопровержимо показали, что Нефертити и ее супруг Эханатон были родственниками. Как отметил известный советский египтолог Ю. Я. Перепелкин, «удивляться тому, впрочем, не приходится, так как сходство, действительно, велико. У обоих утонченные худощавые лица с тяжелыми веками и нежно очерченными носами, черепа с выступающими затылками, длинные тонкие шеи. То, что отличает голову царя от головы царицы, это узость лица, пухлые губы, отвислый подбородок и выгнутая назад шея. Но эти отличия ни в коей мере не нарушали общего сходства. Вглядевшись в изображения… трудно не признать их родственниками, и притом близкими».
Кроме того, известна кормилица царицы по имени Тейе. Она была супругой одного из первых царедворцев Эйе, который после упадка и нисхождения XVIII династии на короткое время стал законным фараоном. Эта супружеская чета была весьма чтима царской семьей, получая, о чем сохранилось много свидетельств, невиданные привилегии и материальные блага.
И, наконец, Нефертити имела родных сестер, оставивших заметные следы своего пребывания в высших сферах общества. Они имели чисто египетские имена. Из них особенно выделялась Бакетатон, которая, судя по всему, была любимицей царской семьи и большой затейницей, позволявшей себе невиданные дерзости.
В связи с последним Ю. Я. Перепелкин привел такой курьезнейший факт: «Видимо, баловень царской четы и большая шутница, эта молодая особа чувствовала себя при дворе, как дома, и позволяла себе неслыханные вещи. Во время царских явлений двору и даже служений Солнцу за нею нередко следовало двое колченогих карликов, изображавших — о дерзость! — верховных сановников страны, верхнеегипетского и нижнеегипетского. Карлики были наряжены в служебное облачение двух высших чинов государства и величались соответственно «правителями»! Подобная сестра царицы — живое опровержение построений, превращавших Нефертити в иноземную царевну».