Суд принял половинчатое решение — лордам якобы не удалось привести достаточно убедительных улик против королевы. Однако подозрение с Марии снято не было.
После вынесения приговора Мария Стюарт постоянно находилась в заточении, менялись лишь замки-тюрьмы; королеву содержали то в Болгоне, то в Шеффильде, то в Фотеренгее. Так в безнадежности шли годы… В сорок лет Мария была усталой и больной женщиной. Ей, правда, был предоставлен известный комфорт, Елизавета выдавала 52 фунта в год на расходы, к тому же Мария получала еще ежегодный пенсион из Франции — 120 фунтов. Елизавета ревниво оберегала свой престиж гуманной королевы: она была достаточно умна, чтобы не вымещать на сопернице былых обид. Мария ела на серебре, в покоях горели дорогие свечи, у нее был целый штат горничных, камеристок, священников, казначеев, врачей.
Казалось, Мария смирилась со своим положением и земные страсти в ней утихли; она находила забвение в домашних занятиях, вышивании золотых узоров. Но это была только иллюзия. На самом деле гордая королева жила одной мечтой — вновь вернуть себе свободу и власть. С первого дня заточения она установила контакты со своими сторонниками, писала письма к послам, ее гонцы спешили в Париж, Мадрид; она, как могла, поддерживала врагов Елизаветы. Письма Марии привозили в белье, в книгах, в крышках футляров. Эта связь с миром стала единственной отрадой Марии, которая поддерживала ее дух. Но все ее интриги не имели никаких шансов на успех: слишком неравны были силы противников. Друзья Марии все чаще попадали в казематы, и там под пытками раскрывались нити заговоров. Министр полиции Уолсингем превосходно наладил систему шпионажа и информации, благодаря которой королева Елизавета имела сведения из всех уголков Англии и почти из всех стран Западной Европы. Однако Мария по-прежнему считала, что лучше быть коронованной узницей, чем отставной королевой.
Чем дольше продолжалась эта борьба — коварная и жестокая, тем непримиримее противостояли Мария Стюарт и Елизавета. Напрасно заклинала Мария даровать ей свободу: «Честью и смертными муками спасителя и избавителя нашего заклинаю — позвольте мне оставить это государство и удалиться на покой в какое-нибудь укромное место». Елизавета не отвечала. Последней надеждой Марии был сын, которого она вынуждена была оставить еще младенцем. За эти годы Иаков VI стал юношей, почти мужчиной. Он воспитывался врагами Марии и, видимо, усвоил версию, что его мать помогла лишить жизни отца и теперь оспаривает престол у Елизаветы. Постепенно с сыном завязались переговоры. Это очень встревожило Елизавету, она опасалась, как бы мать с сыном не договорились вместе выступить против нее. Елизавета послала Иакову отборных лошадей и собак, намекая также на английское престолонаследие. Более того, был подписан тайный договор между Елизаветой и Иаковом, в котором нет ни слова о его матери; как только он получил причитающиеся ему деньги, он перестал встречаться с матерью; был рескрипт, в котором сообщалось, что Мария навсегда лишена титулов и всех прав королевы Шотландии. Это означало полный крах надежд Марии. Она отреклась от сына и прокляла его. Ее борьба с Елизаветой достигла высшего накала. И это не только борьба двух королев. Это борьба католицизма и Реформации; у каждой стороны зреет план убийства: у католиков — Елизаветы, у протестантов — Марии. Католический мир занял резко враждебную позицию по отношению к Англии. 25 февраля 1570 года папа Пий V обнародовал буллу об отлучении Елизаветы от католической церкви и освободил англичан от присяги на верность королеве, а в 1580 году Рим объявил, что всякий «убивший Елизавету с благочестивыми намерениями совершит божье дело».