Противостояние вступило в последнюю фазу — к Марии стали применять крутые меры. Елизавета считала, что Шрусбери (надзиратель за Марией) был слишком снисходительным тюремщиком, и он отстраняется от должности, а его место занял фанатик — протестант Паулет.
Пятьдесят солдат день и ночь караулили подходы к замку. Люди из свиты Марии лишились свободы передвижения. Белье, книги, любые посылки тщательно просматривались; у Марии отняли лошадей, и она уже не могла выезжать на прогулки. Ни одно слово извне не проникало под своды ее замка. Однако министры королевы не одобряли этот режим. По их мнению, надо было втянуть Марию в преступный заговор и затем приговорить к смерти. Такой заговор против Елизаветы уже существовал, и министр полиции английской королевы Уолсингем внедрил туда своих шпионов. Вместо того чтобы задушить заговор в зародыше, Уолсингем провоцировал заговорщиков, чтобы они поставили своей целью убить Елизавету с письменным одобрением Марией этой акции. А Марии предоставили определенную свободу и перевезли в другой замок — Чартли, который находился рядом с поместьями дворян-католиков. В это же время друзья Марии познакомили ее с Бабингтоном — молодым мелкопоместным дворянином. Пылкий юноша проникся жалостью и участием к судьбе Марии Стюарт и выразил готовность отдать за нее жизнь. Мария продолжала получать тайные письма. Ежедневно на кухню из местной пивоварни доставлялся бочонок пива для слуг, в бочонок опускалась закупоренная деревянная фляга, в которой и находились секретные письма. Этот способ изобрели не друзья Марии Стюарт, а шпионы Уолсингема. Поэтому вся переписка опальной королевы происходила под наблюдением ее политических врагов. Каждое письмо перехватывалось, расшифровывалось, с него снималась копия и отправлялась в Лондон. И только после этого письмо доставлялось Марии. Заговорщики уже подготовили план ее похищения, но Уолсингему этого было мало, ему нужен был заговор цареубийц. И он потребовал от своих провокаторов настаивать на убийстве Елизаветы. Наконец Бабингтон и его друзья согласились. Теперь завлечь в ловушку Марию было несложно — необходимо только, чтобы Мария одобрила план убийства Елизаветы и письменно это подтвердила. Приближенные Марии советовали ей не рисковать, но замысел был очень соблазнителен: он открывал для нее путь к двум коронам — шотландской и английской и давал надежду на возвращение миру католической веры.
Наконец Мария решилась — ее ответ был готов и отослан в пивной бочке. Но письмо не дошло даже до Лондона, его изъяли здесь же, в Чартли. В письме Мария соглашалась на убийство Елизаветы. Итак, провокация Уолсингема достигла своей цели. Все заговорщики были схвачены. Мария пока еще ничего не знала. Но когда она по приглашению Паулета выехала на охоту в соседний замок Тиксолл, ее арестовали, а в ее апартаментах произвели обыск. Семнадцать дней Марию держали в Тик-солле, и у нее было достаточно времени, чтобы все обдумать и понять. Затем ее перевезли в замок Фоторенгей; это было ее последнее пристанище.