Если бы стало ясно, что Зорге — германский агент, то японцы не посмели бы его арестовать. Но факты привели Кэмпэйтай к пониманию того, что Зорге работал на Советы. Одним из основных факторов в пользу данной версии явилась принадлежность художника И. Мияги к компартии. Советская внешняя разведка (как военная, так и политическая) нередко использовала в своих целях членов коммунистической партии той страны, в которой проводились операции. Не был исключением и Мияги. Он определенное время жил и работал в США, но потом советская разведка перебросила его в Японию в помощь группе Зорге. Когда японская контрразведка вышла на Мияги, а потом вычислила его связи с Зорге, японцам стало ясно, что раз Зорге сотрудничает с коммунистом Мияги, то тут явно прослеживаются связи не с Германией, а с Советским Союзом.
По цепочке от Мияги Кэмпэйтай добралась и до Рихарда Зорге. Он был арестован 18 октября 1941 года. В германском посольстве с ужасом восприняли это событие, там не могли поверить, что истинный ариец, преданный член нацистской партии, соратник германского посла — советский шпион!
В сентябре 1943 года Рихард Зорге был приговорен к смертной казни через повешение. Один год он провел в камере смертников.
Скорее всего, Москва при желании могла спасти жизнь Рихарду Зорге. Японский генерал-майор Киодзи Томинага, взятый в плен в Маньчжурии, поделился известными ему фактами: «Трижды мы обращались в советское посольство в Токио с предложением обменять Зорге на арестованного японца. И трижды мы получали один и тот же ответ: «Человек по имени Зорге нам неизвестен».
Характерен и такой факт: 6 ноября 1944 года в посольство СССР в Токио на прием по случаю очередной годовщины Октябрьской революции неожиданно прибыл министр иностранных дел Японии Мамору Сигэмипу. Он был необычайно любезен, говорил о «дружбе между Японией и Советским Союзом». Возможно, министр ждал, что советские представители замолвят слово о Зорге. Это был последний шанс для разведчика. Но о Зорге не было сказано ни слова.
Бывший заместитель начальника 1-го Разведывательного управления НКГБ СССР генерал-лейтенант Павел Судоплатов свидетельствовал уже после второй мировой войны: «Зорге, Герой Советского Союза, безусловно, мужественный человек, заслуживающий награду. Он погиб, поскольку мы не поставили вопрос о его выдаче или обмене. Такая практика вообще была. И, как правило, мы выручали своих людей.
Дело Зорге — это трагическая и героическая страница в истории разведки. Все его наставники и руководители: Берзин, Урицкий, Артузов, Карин, Горев, Борович — погибли в годы массовых репрессий».