Враг, преодолевая упорное сопротивление частей советских войск, вырвался на правый берег Днестра.
Речной флот ушел опасным морским путем в Одессу, Николаев, Херсон.
И опять полные боевых тревог рейсы по Южному Бугу и нижнему Днепру.
В июле и августе бои развернулись в бассейне Днепра. На этой важнейшей водной магистрали Украины и Белоруссии к началу войны курсировало более 2000 судов. Здесь было немело хорошо оснащенных портов. За первые два месяца великой битвы за свободу и независимость нашей Родины речники Днепра перевезли десятки тысяч семей, эвакуировали много промышленного оборудования. Они доставляли продовольствие и нефтепродукты частям Советской Армии. Днепровский флот обслуживал сотни воинских перепрев в районе Киева, Днепропетровска, Запорожья, Кременчуга, Херсона, на Южном Буге, Березине, Припяти и Соже. Днепровские суда близ Запорожья ходили на штурм острова Хортица.
Заняв остров, фашисты открыли огонь по Запорожью, затруднив эвакуацию заводов и населения. Надо было очистить Хортицу. Почти 10 суток шло сражение за остров. Газоход № 17, катера «В-1», «Темеров», «Делегат», баржа № 108 и другие суда под непрерывным огнем противника совершали десятки рейсов, доставляя десант наших войск. Гитлеровцы не выдержали и оставили остров. После этого еще около месяца продолжалась эвакуация из Запорожья оборудования местных предприятий.
В первые же дни Великой Отечественной войны на помощь Советской Армии пришли суда Беломорско-Онежского и Северо-Западного пароходств. Враг, зная цену речному флоту, водным путям, уже на шестой день нанес первый удар по важнейшей водной магистрали севера — Беломорско-Балтийскому каналу. Не один налет фашистских стервятников выдержали гидроузлы в районе Повенчанской шлюзованной лестницы. Но суда шли по каналу. Флот Беломорско-Онежского пароходства помогал эвакуировать население и промышленные предприятия через Онежское озеро, по Мариинской системе на Волгу, по каналу на Беломорск.
Фашисты захватили Петрозаводск, Медвежьегорск и Повенец, разрушили южный склон канала. Но речники продолжали водить суда по его северному склону, по Выгозеру, у восточных берегов Онежского озера и у побережья Белого моря: флот обслуживал Карельский фронт, доставлял лес для оборонной промышленности и строительства укреплений.
В навигацию 1942 года Беломорско-Онежский флот выполнил 244 специальных задания военного командования, доставил к переднему краю фронта свыше 30 тысяч тонн грузов.
Летом 1941 года тревожно стало и на водных путях Северо-Западного бассейна. Много судов Северо-Западного пароходства было передано командованию Краснознаменного Балтийского флота и частям противовоздушной обороны. Речные суда отлично провели на Ладожском озере операции по переброске воинских частей с северных и северо-западных берегов, из районов Кексгольма, Сортавалы, Питкяранта, Сортанлахты и других пунктов, через Мариинскую систему отправлялись караваны с эвакуируемыми грузами.