С началом Великой Отечественной войны начальник Центральной военно-технической школы военного собаководства полковник Г. П. Медведев и весь руководящий состав школы приступили к формированию и подготовке новых подразделений военного собаководства для фронта. Уже 2 июля 1941 года в действующие войска Западного фронта был направлен первый батальон специальной службы. А всего за период войны 1941–1945 годов было сформировано, подготовлено и направлено в действующую армию 231 подразделение и части военного собаководства, в том числе два отдельных полка специальных служб. Школой подготовлено 3000 офицеров, 8000 сержантов и 32000 вожатых-собаководов.
Яркий талант организатора, высокий профессионализм, масштабность мышления, неутомимая энергия позволяли Григорию Пантелеймоновичу осуществлять руководство и держать в поле зрения все вопросы деятельности школы в тылу, а также работу подразделений и частей военного собаководства в действующих войсках. Многократно он выезжал на фронт для контроля их работы, и даже лично осуществлял руководство отрядами.
Личный пример, неутомимость в работе, вера в людей и технику (собаку) создавала атмосферу высокого энтузиазма в работе командного и всего личного состава, что положительно сказывалось на результатах боевой деятельности подразделений на фронте. Более 3000 человек в частях военного собаководства удостоены правительственных наград, одному из них присвоено высокое звание Героя Советского Союза, около 300 вожатых стали кавалерами ордена Славы, девять частей награждены орденами.
Большой практический опыт и глубокие военные знания, постоянный и тесный контакт с коллективом давали ему возможность находить верные решения трудных вопросов. За умелое руководство и высокие результаты в боевой деятельности Центральной школы на фронтах Великой Отечественной войны Постановлением СНК СССР от 17 ноября 1943 года начальнику Центральной военно-технической школы дрессировщиков Красной армии полковнику Г. П. Медведеву присвоено воинское звание генерал-майор войск связи. Родина по достоинству оценила ратный труд Медведева, он награжден орденом Ленина, четырьмя орденами Красного Знамени, орденом «Знак Почета», орденом Красной Звезды и многими медалями. И как апофеоз всей работы за годы войны — участие Центральной школы в Параде Победы 24 июня 1945 года, где во главе колонны военных собаководов шел ее молодой генерал — «генерал от собаководства».
Боевая судьба свела Григория Пантелеймоновича с видными советскими военачальниками маршалами Советского Союза Г. К. Жуковым и С. И. Коневым, маршалом войск связи СССР И. Т. Пересыпкиным, генералами армии Д. Д. Лелюшенко и С. И. Штеменко и многими другими. Все они давали высокую оценку возможностям использования собак в военном деле, а также организаторским способностям Г. П. Медведева.