Гонения на евреев в Германии особенно участились, когда в 1348–1350 гг. во всей Европе свирепствовала чума, и евреев объявили ее виновниками. Избиение евреев началось на юге Франции, но затем оно перекинулось в Германию, где приняло особенно жестокие формы. Евреев пытали, вешали, сжигали на кострах, не жалея даже детей. Нередко были случаи, когда евреи сжигали свои дома и семьи, чтобы не попасть в руки немецких палачей. В XV веке гонения на евреев в Германии несколько ослабли, уменьшились и еврейские погромы, но в разных местах они периодически возникали.
В XVI–XVII веках в Германии на смену средневековью пришел капитализм. В условиях капитализма с наилучшей стороны начали проявляться такие качества евреев, как предприимчивость и энергичность, рационализм и новаторство. Стала приобретать широкие масштабы финансовая и коммерческая деятельность немецких евреев. Однако еврей в Германии оставался человеком, недостойным даже сожаления. Ему можно было ради забавы поджечь бороду и обращаться с ним не лучше, чем с собакой. В частной жизни еврей, даже если он занимал в обществе заметное положение, всё равно не принимался немцами за своего. Пользоваться равными с немцами правами мог только тот еврей, которого сами немцы за еврея уже не считали. Чтобы завоевать расположение немцев, еврей должен был отказаться, по крайней мере, внешне, от всего еврейского. Немецкий поэт и мыслитель еврейского происхождения Генрих Гейне писал: «Свидетельство о крещении служит для еврея входным билетом в европейскую культуру». В этом была одна из основных причин массовой ассимиляции немецких евреев.
Процесс расширения прав евреев начался в Германии, как и в большинстве стран Европы, лишь после победы Французской революции и прихода к власти Наполеона I. В 1791 г. евреи во Франции получили все права гражданства. В Европе на завоеванных Наполеоном землях было провозглашено равенство всех граждан. Тогда получили равенство в правах евреи Бельгии, Голландии, Италии и частично Германии. Объявили равенство евреев с другими народами и в тех странах, которые вели войну с Францией, чтобы иметь в лице евреев преданных солдат, далеких от мысли перейти на сторону Наполеона. Так в Пруссии 11 марта 1812 г. был издан Указ о евреях (Judenedikt), в силу которого евреи были объявлены такими же гражданами, как и христиане, от которых они «отличаются лишь в религиозном отношении». Когда же Наполеон пал и евреи стали больше не нужны для борьбы с ним, реакционные правительства Германии и Австрии, евреев немецких земель вернули в их прежнее бесправное положение.