После возвращения в Россию летом 1704 г. Крюйсу было поручено сначала управление, а затем командование Балтийским флотом. Здесь он установил порядок в распределении команд по судам, дал инструкции по снабжению судов и Адмиралтейства всем необходимым, укрепил оборонительные сооружения острова Котлин. В итоге деятельности Корнелия Ивановича флот был приведен в боевую готовность. И вовремя.
В начале июня 1705 г. к Котлину подошел шведский флот под командованием адмирала Анкерштерна в составе 7 линейных кораблей, 6 фрегатов и многих мелких судов. Казалось, что судьба Санкт-Петербурга решена. Шведам достаточно было овладеть островом, свободно пройти в устье Невы и захватить строящийся город, воплотив идею своего короля Карла XII, который однажды сказал: «Пусть брат Петр строит, нам это пригодится». Однако благодаря грамотно организованной Крюйсом обороне малочисленного русского флота и укрепленного им острова враг вынужден был отказаться от амбициозных планов.
Кампания 1706 г. не была для Крюйса примечательной ничем, кроме серьезной ссоры вице-адмирала с шаутбенахтом Боцисом, за что вице-адмирал получил «неудовольствие» российского монарха. Видимо, Петр не зря поручил им одинаковые роли на своей свадьбе, пытаясь наладить контакт между этими непримиримыми морскими начальниками, одинаково ревностно служившими морской славе России.
После царской свадьбы Корнелий Иванович отправится с эскадрой на корабле «Рига» защищать Кронштадт от нападения шведов. 24 июля 1712 г. он упустил три шведских корабля, которые могли быть пленены или потоплены. За это его судили, но не строго. А вот в следующем, 1713 г., во время погони за шведскими судами, его корабли «Рига» и «Выборг» сели на мель, да так, что «Выборг» русские вынуждены были сжечь, чтобы не достался неприятелю. Новый суд с участием государя приговорил Крюйса к смертной казни, которую заменили ссылкой в Казань.
В 1715 г. Крюйса возвратили из ссылки, в 1717 г. назначили вице-президентом Адмиралтейств-коллегии, а по случаю заключения мира со шведами в 1721 г. произвели в адмиралы. Корнелий Иванович до самой смерти, наступившей 3 июля 1727 г., прослужил в Адмиралтейств-коллегии, редко в последние годы приезжая на службу, подписывая бумаги на дому. Российского адмирала похоронили в Амстердаме, а его вдова пожизненно владела деревнями, пожалованными супругу за службу в России.
Петербургский дом адмирала Крюйса был одной из первых построек на берегу Невы, на будущей Дворцовой набережной. Он находился на участке, занимаемом ныне южным павильоном Малого Эрмитажа и западной частью Нового Эрмитажа. Первые деревянные хоромы Крюйс построил в 1705–1706 гг. по собственному проекту. Это было одноэтажное здание на высоком цоколе с главным фасадом на Неву, от которого отходили два дворовых флигеля. Дом венчала высокая двускатная крыша, покрытая тесом.