В 1980-х годах появились ученые различных специальностей, усомнившиеся, что «Черной смертью» была именно чума.
Первым это сделал британский зоолог Грэм Твигг в своей книге 1984 года «Черная смерть: пересмотр господствующей теории с точки зрения биологии», после чего вышли работы «Биология чумных эпидемий» демографа Сюзанны Скотт в соавторстве с биологом Кристофером Дунканом и «Нетрадиционный взгляд на проблему Черной смерти» Сэмюэля Кона, профессора медиевистики из Университета Глазго.
Они писали, что чуме обычно предшествует массовая гибель крыс, но ничего подобного в документах XIV века не отмечалось.
Также утверждали, что была определенная разница в механизме протекания болезни во время второй и третьей пандемий чумы. Третья пандемия унесла, к примеру, в Индии около 3 % населения, в то время как «Черная смерть» сократила население Европы на 30 %.
Основной формой протекания заболевания (в особенности на севере) был «легочный вариант», в то время как в современном мире процент больных с поражениями легких при пандемии не превышал 15–25 %, во времена вьетнамской войны – 3 %.
Чумная блоха предпочитает теплый и влажный климат, потому в той же Индии заболеваемость падала в зимнее время и возобновлялась весной, в то время как для «Черной смерти» подобного не замечено.
Во времена третьей пандемии болезнь распространялась со скоростью около 20 миль в год, в то время как для «Черной смерти» эта цифра составляла 2,5 мили в сутки.
После всех этих данных исследователи выдвигали свои гипотезы, что же за заболевание это могло быть, и вот тут у каждого был свой вариант: сибирская язва, геморрагическая лихорадка по типу Эболы или неизвестное ныне «заболевание Х».
В последующих дискуссиях каждое их утверждение было опровергнуто приверженцами традиционной теории, но время от времени альтернативные варианты появляются и сейчас.
Группой французских ученых под руководством Дидье Рауля в конце 1990-х годов было проведено исследование останков жертв болезни, взятых из двух «чумных рвов» в Южной Франции, один из которых датируется 1348–1350 годами, другой – более поздним временем. В обоих случаях была найдена ДНК бактерии Y. pestis. Результаты были подтверждены еще в нескольких лабораториях в нескольких странах.
В результате исследования, опубликованного в журнале «Nature», было доказано, что современные штаммы имеют геном, на 99 % идентичный найденному у умерших от «Черной смерти», и тот же уровень вирулентности.
«Черная смерть» имела значительные демографические, социальные, экономические, культурные и религиозные последствия и даже повлияла на генетический состав населения Европы. А в Золотой Орде резкое сокращение населения привело среди прочего к политической нестабильности. Именно после этой пандемии ее влияние стало ослабевать, и уже в 1380 году, после «стояния на Угре», Русь перестала платить дань Орде.