За первой вспышкой последовала вторая волна весной и летом 1631 года. Всего в Милане умерли около 60 000 человек при общей численности населения 130 000.
Тогда же зараза проникла и в Венецианскую республику. Смертность там была чуть пониже, не половина населения, а треть: 46 000 при общем количестве 140 000 горожан. Некоторые историки считают, что резкое снижение численности и влияния города на торговлю в конечном счете и привело к падению Венеции как крупного торгового и политического центра.
Папский город Болонья потерял приблизительно 15 000 граждан от чумы, сильно пострадали и соседние ему меньшие города Модена и Парма. Эта вспышка чумы распространилась на север, в Тироль, в альпийский регион западной Австрии и северной Италии.
Также чума была во Флоренции в 1630–1633 годах и области вокруг Неаполя, Рима и Генуи в 1656–1657 годах.
Верона потеряла 33 тысячи жителей из 54 тысяч, то есть 61 %, Флоренция 9 тысяч из 76 тысяч (12 %).
Эпидемия чумы в Москве в 1654–1657 годах
Ряд историков считает, что можно говорить об эпидемии 1654–1657 годов, другие полагают, что правильнее было бы говорить о двух эпидемиях с коротким промежутком: 1654–1655 годы и сезон 1656/57 года.
Исследования этой эпидемии с XIX века основывались на «Актах исторических, собранных и изданных Археографическою комиссией» в 1841–1842 годах, где опубликованы довольно откровенные доклады чиновников о происходившем.
Позднее исследователям стали доступны данные синодиков (книг, содержащих записи имен об упокоении), опубликованных летописных сводов, сказаний о чудотворных иконах, данных православного календаря о днях празднований в память об избавлении от чумы.
Иностранные путешественники Адам Олеарий, Павел Алеппский и Сигизмунд фон Герберштейн писали, что жители Москвы, казалось, не знали чумы и некоторых других моров. И действительно, чума появлялась обычно на северозападных окраинах страны, в Смоленске, Пскове, Новгороде, почти не доходя до столицы. Поэтому когда чума таки дошла до Москвы, жители оказались в растерянности.
Происхождение чумы, поразившей Россию в 1654 году, точно неизвестно. Ученые называют самые разные пути: могла быть из Персии с заносом через Астрахань, могла быть с Украины или из Крыма.
Большинство летописей датируют моровое поветрие 1654–1655 годами, хотя в некоторых указан 1653 год. Если учитывать церковные предания и данные православного календаря о днях празднования в память об избавлении от чумы, то получается, что в Рыбинской слободе и Угличе моровое поветрие объявилось до 3 и 18 июня 1654 года, а после вмешательства чудотворных икон прекратилось. По этим же данным в Казани эпидемия началась до 24 июля 1654 года.