Главными средствами дезинфекции были огонь, вода, мороз. Также применялся известный на Руси издревле дым от сжигания можжевельника и полыни, которым окуривали дома и предметы. Вещи и одежда заболевших сжигались на кострах. Письма по пути следования передавали «через огонь»: с одной стороны от костра стоял гонец и выкрикивал содержание написанного, а на другой переписывали на новую бумагу. Перевозимые между городами деньги предписано было промывать в воде, а одежду «вымораживать и вытресать». Причем выполняться эти манипуляции должны были руками людей, которые «в моровых болезнях были», здоровые же должны были «ни к чему не касатца».
На пути в Калязин перед царской семьей перевезли тело умершей от чумы женщины. Было приказано наложить на этом участке дороги и вокруг нее дров, поджечь, а уголь с землей собрать и увезти подальше, после чего навезти другой земли издалека.
Эпидемия в столице достигла пика в конце августа – начале сентября. В это время царская семья переехала в Калязинский монастырь. В Москве, оставшейся без начальства и стражи, начались грабежи, прекратилась торговля, из тюрем бежали преступники, всюду лежали трупы, которые не успевали хоронить. Все ворота Кремля наглухо закрыли, оставив лишь одну калитку. Из-за смертей Пронского и И. В. Хилкова управление столицей без государева указа вынуждены были взять на себя И. А. Хилков и А. Иванов.
В донесении Троице-Сергиева монастыря сообщалось, что в монастыре и округе 417 человек умерло «с язвами», проболев 1–4 дня; «без язв», проболев 4–7 дней, – 848. Какая именно это была формы чумы – неясно, но точно не легочная, раз никто не упоминает в списке симптомов кровохарканье.
А чума вместе с беженцами уже пробралась в другие города.
1 августа первые случаи чумы замечены в Туле, 4 августа – в Торжке, 10 августа – в Калуге, 15 августа – в Звенигороде, 16 августа – в Ржеве и Суздале, 18 августа – в Соли Галичской, 23 августа – в Коломне, 31 августа – в Нижнем Новгороде, 1 сентября – в Шуе, Вологде, Костроме, Белеве и Мценске, 5 сентября – в Дедилове и Малоярославце, 6 сентября – в Кашине, в сентябре эпидемия началась в Городце, Ярославском, Тверском и Старицком уездах.
Данные по Нижнему Новгороду: «скорой смертью» умерло 1793 человека (947 с язвами и 846 без язв), «протяжной болезнью» – 58 человек (56 без язв и двое с язвами). Под продолжительной болезнью понимался срок от 4 дней. Современные исследователи предполагают, что под «протяжной болезнью без язв» параллельно чуме проходила какая-то другая болезнь, достаточно смертельная, чтобы ее тоже приняли за чуму (малярия, сыпной тиф или что-нибудь еще).