Случаи, когда с виду здоровые люди умирали мгновенной смертью, отмечали и другие свидетели. Сейчас известно, что таким образом может протекать легочная чума.
В октябре-ноябре, когда похолодало, эпидемия пошла на спад. И.А. Хилков сообщал Никону и царской семье, которые уже было хотели уехать из Нерли в Новгород, что с 10 октября моровое поветрие в Москве стало утихать. Некоторые источники пишут о второй половине ноября. В первых числах декабря в Москву прибыл Б.М. Хитрово с заданием узнать и записать, сколько в городе находится мертвых и живых. Подсчет вел дьяк Кузьма Мошнин. К 17 декабря он завершил работу. В декабре царю сообщили о том, что морового поветрия в Москве больше нет и «в рядах сидят, торгуют», но он решил повременить с приездом.
Считается, что 12 октября чума прекратилась в Шуе, 13 октября – в Казани, к 18–23 октября – в Вологде, к 19 октября – в Ярославле, к 6 декабря – в Соли Галичской, к 25 декабря – в Коломне. В Галиче пик эпидемии пришелся на 23 ноября – 12 декабря.
3 февраля 1655 года в Москву прибыл Никон. Он описал вид опустошенного безлюдного города: «Непрестанно плакал смотря пустоты Московския, пути и домов, идеже преж соборы многие и утеснение, тамо никаково, великия пути в малу стезю и потлачены, дороги покрыты снеги и никем суть не следими, разве от пес. Ох, ох!»
И только 10 февраля в Москву приехал царь Алексей Михайлович.
И хоть эпидемия почти полностью утихла, но оставшиеся кое-где очаги спровоцировали новую вспышку. Летом 1656 года моровое поветрие объявилось в низовьях Волги. Узнав об этом, власти немедленно приказали окружить пораженные районы заставами и никого через них не пускать. Возможно, это было сделано слишком поздно, поскольку сообщение со столицей занимало несколько дней, но как бы то ни было чума вскоре уже распространилась на Казань, Смоленск и другие области. Москву в этот раз не затронула. Новая вспышка была намного менее страшной, чем в 1654 году, хоть и затронула более 35 городов и территорию в 30 000 кв. км. Есть сведения, что чума появлялась в Вятке и низовьях Волги и в 1657 году.
Народ видел в эпидемии наказание Божие за грехи, поэтому и путь к спасению видел в вере. Проводились крестные ходы с чтимыми иконами и мощами, молебны, паломничества, закладывались церкви. Набожность русского народа в это бедственное время отметил патриарх Антиохийский Макарий III: «Подлинно, этот народ истинно христианский и чрезвычайно набожен, ибо, как только кто-нибудь, мужчина или женщина, заболеет, то посвящает себя Богу: приглашает священников, исповедуется, приобщается и принимает монашество, [что делали] не только старцы, но и юноши и молодые женщины; все же свое богатство в имущество отказывает на монастыри, церкви и бедных. Хуже всего и величайшим гневом Божиим была смерть большинства священников и оттого недостаток их, вследствие чего многие умирали без исповеди и принятия св. Таин».