Во время моровых поветрий было распространено строительство обыде́нных храмов. Вологду чума покинула после того, как 18 октября для утоления гнева Божиего горожане возвели деревянную Спасообыденную Всеградскую церковь. Спустя четыре дня в такой же короткий срок местный иконописец по желанию вологжан написал икону Всемилостивого Спаса. В Ростове обыденная церковь Всемилостивого Спаса на Торгу появилась по обету после прекращения морового поветрия.
Никон послал воеводе Пронскому икону Казанской Божией Матери, которая должна была защищать москвичей от чумы. Связывали прекращение эпидемии с чудотворными иконами в нескольких городах: принесение Югской иконы в Рыбинскую слободу, Седмиозерной – в Казань, молебны перед Боголюбской иконой в Угличе, написание новой иконы Богоматери в Шуе, которая была позднее названа Шуйско-Смоленской иконой, вмешательство Толгской и Смоленской икон в Ярославле. В Москве, по преданию, многие люди выздоровели благодаря заступничеству от иконы Грузинской Божией Матери. Спасение Твери в 1655 году приписывают мощам князя Михаила Ярославича, а спасение Бежецка – иконе Николая Чудотворца. Известны случаи, когда общины в челобитных царю упрашивали его прислать чудотворные реликвии, например крест с мощами.
Установить точное количество погибших невозможно, в итоге каждый историк называет свое предположительное число. Тем не менее чуму 1654–1655 годов называют самой крупной эпидемией XVII века в России.
Современники-иностранцы в своих записках говорили о нескольких сотнях тысяч погибших от эпидемии при том, что население всего государства составляло чуть более 7 миллионов. Английский дипломат У. Придо 15 августа 1655 года писал, что в течение последнего года не менее миллиона человек стали жертвами чумы. С. Коллинз, врач царя Алексея Михайловича, приехавший в Россию уже после эпидемии, писал, что от нее в стране погибло 700–800 тысяч человек. Другие авторы того времени пишут о числах от 70 до 480 тысяч.
Современные историки называют от 300 до 800 тысяч. Цифры, приведенные в официальных документах, намного меньше: из «Актов исторических» следует, что погибло 23 250 человек.
Основной источник о жертвах в Москве, отчет Кузьмы Мошнина от 17 декабря 1654 года, свидетельствует о высокой смертности в столице. Особенно тяжелая ситуация была там, где люди жили в тесноте: в монастырях и боярских дворах. В Чудове монастыре умерло 182 человека, в живых осталось 26. В Вознесенском умерло 90 стариц, осталось 38. В Ивановском умерло 100 стариц, осталось 30. Почти четверть дворов бояр, окольничих, думных дворян и дьяков вымерла полностью. У боярина Я.К. Черкасского умерло 423 человека, живых – 110. У Б.И. Морозова умерло 343, живых – 19. Высокий процент умерших наблюдался и в слободах.