Данные о погибших в других городах берутся главным образом из «Актов исторических» и из трудов историка С.М. Соловьева. Судя по этим цифрам, процент умерших колебался от 30 до 85 %. Рукопись «О чуме…» сообщает о 10 тысячах погибших в Нижнем Новгороде, 20 тысячах в Костроме и 80 тысячах в Ярославле.
Хотя чума и не коснулась русского войска, она усложнила его снабжение, ослабила тыл, из-за чего пришлось временно приостановить наступление. Тем не менее поход 1654 года в целом оказался удачным для России, были возвращены территории, потерянные в войне 1609–1618 годов. Во время войны в Россию с захваченных территорий переселялись поляки и белорусы, причем не только в качестве пленных, но часто и добровольно. Селились они в опустевших от эпидемии районах. Алексей Михайлович намеревался переселить в Москву и окрестности до 300 тысяч человек. Столько переселить не удалось, но все же на этих землях оказалось большое количество новых людей с совершенно другой культурой и обычаями.
Перерыв в торговле и обработке земли привел к голоду. Появились цинга и другие болезни, которые вместе с голодом дали новую волну смертности. Власть не могла собирать налоги, в казне не хватало денег. Это стало одной из причин денежной реформы Алексея Михайловича.
После солнечного затмения 2 августа 1654 года, которое в обстановке разгорающейся эпидемии было воспринято как божественное знамение, противники Никона объявили главным виновником гнева Божиего патриарха с его реформами и недавним «надругательством» над иконами, написанными «не по старине». Сам Никон считал, что эпидемия была наказанием за вмешательство царя и бояр в права церкви в уложении 1649 года, однако в своем «Поучении о моровой язве» 1656 года сказал, что никому о причинах этого бедствия знать не надлежит. 25 августа перед Успенским собором в Москве собралась толпа. Люди принесли к крыльцу собора выскобленные иконы, ругали патриарха и обвиняли его в том, что он бежал из Москвы вместо того, чтобы молиться о своей пастве. Все это способствовало росту популярности старообрядчества. Многие его приверженцы сочли эпидемию чумы предвестницей скорого конца света. Одни недовольные Никоном стали видеть в нем антихриста, другие же считали патриарха лишь его предтечей. Старообрядцы еще долго припоминали Никону эпидемию, даже протопоп Аввакум в челобитной Алексею Михайловичу от 1664 года писал о том, что именно патриарх Никон повинен в эпидемии.
После всего произошедшего власти стали больше внимания уделять предупреждению заноса болезни из-за границы. Иностранцев с пристрастием расспрашивали, была ли в их стране эпидемия и какой характер она носила. При малейших подозрениях их подвергали карантину или отправляли назад. Страх перед новым моровым поветрием был так велик, что запрещалось даже косить сено в тех местах, где до этого свирепствовала чума. В итоге эпидемий чумы в России не было в течение нескольких десятилетий после 1657 года.