После возвращения он, однако, обнаружил, что в его отсутствие ситуация радикально изменилась в худшую сторону. Воспользовавшись нежеланием Моро и Журдана координировать свои действия, эрцгерцог Карл сосредоточил против Самбро-Маасской армии основные австрийские силы, значительно превосходившие ее по численности. Узнав об этом, Журдан начал отступать. Клебер, возмущенный тем, что армия столь легко уступает противнику стратегическую инициативу, подверг решения главнокомандующего острой критике. Отношения между прежними друзьями быстро ухудшались. Конфликт зашел так далеко, что в конце августа Клебер подал в отставку. В его отсутствие Журдан 3 сентября 1796 г. потерпел тяжелое поражение от эрцгерцога Карла под Вюрцбургом, после чего Самбро-Маасская армия безостановочно покатилась на запад и остановилась только на левом берегу Рейна. Следом пришлось отступить и Рейнско-Мозельской армии.
Из-за неудач в кампании 1796 г. Директория Французской республики сняла Журдана с поста главнокомандующего, заменив его генералом П. Р. Бёрнонвилем. Тому предстояло полностью реорганизовать армию, утратившую боеспособность, и он обратился к Директории с просьбой вернуть Клебера. На соответствующее предложение Клебер согласился, получив пост командующего центром и правым крылом Самбро-Маасской армии. Впрочем, вскоре Директория изменила свое решение: Бёрнонвилю поручили возглавить Северную армию, а новым главнокомандующим Самбро-Маасской армией назначили Клебера. Тот, по своему обыкновению, отказался. Правда, ему из-за нездоровья Бёрнонвиля всё же пришлось в течение января 1797 г. единолично руководить всей Самбро-Маасской армией. Предприняв за этот срок необходимые меры по ее восстановлению, он передал армию вполне боеспособной новому главнокомандующему — Моро и, наконец, ушел в отставку, как он полагал, теперь уже бесповоротно. В письме Моро от 13 января 1797 г. Клебер сообщал:
«Я покидаю армию 20 января: ни мое здоровье, ни та горечь, что переполняет мою душу, не позволяют мне служить моей родине на военном поприще, и меня очень огорчило бы, если бы Директория предприняла какой-либо демарш, пытаясь меня удержать. Мои лошади и снаряжение уже проданы, и я испытываю абсолютную потребность в отдыхе»>{55}.
Разумеется, причиной столь неожиданной отставки и добровольного ухода с вершин славы в глухую безвестность частной жизни не могло быть одно лишь состояние здоровья. Ссылки на таковое считались у старших офицеров и генералов революционной армии вполне уважительным предлогом для отхода от дел, когда что-либо по службе шло не так, но редко бывали истинной причиной ухода из армии. Когда дела шли хорошо, на здоровье обычно никто не жаловался. Так, генерал Луи-Лазар Гош, вскоре сменивший Моро во главе Самбро-Маасской армии, к тому моменту был уже неизлечимо болен туберкулезом, но так и не покинул поста главнокомандующего до самой смерти. Впрочем, Клебер, как можно видеть из его письма Моро, и не сводил причины своего ухода исключительно к болезни, а упоминал также о «горечи, переполняющей душу». Чем она была вызвана? Возможно, отчасти это объясняет его письмо Бёрнонвилю от 28 сентября 1796 г.: