С прекращением войны гонения на сторонников Реформации возобновились. Эдикт Фонтенбло от 1 июня 1540 г. обязал все королевские суды бороться с распространением протестантской «ереси». Правительство установило строгий контроль над книготорговлей, запрещенные книги сжигались, а в 1540 г. был сожжен известный лионский книгоиздатель Этьен Доле.
В последние годы жизни Франциска I, когда он уже тяжело болел, его двор раздирала борьба между группировками аристократии, выливавшаяся время от времени в отстранение от власти, а порою и предание суду того или иного крупного государственного деятеля. К тому же весьма напряженно складывались и отношения короля с дофином Генрихом. Окружение наследника, где тон задавала его фаворитка Диана Пуатье, откровенно фрондировало против занимавшей доминирующее положение «партии» герцогини д’Этамп, фаворитки короля. Неудивительно, что после смерти Франциска I (31 марта 1547 г.) двор пережил своеобразную «революцию».
Взойдя на трон, Генрих II удалил прежних советников своего отца и герцогиню д’Этамп. Зато Диана Пуатье получила титул герцогини и была введена в Королевский совет. Король приблизил к себе ранее опального коннетабля Монморанси и его родню, а также семейство Гизов, младшую ветвь Лотарингского дома. Герцог Франциск Гиз имел славу храброго полководца, а его брат Карл, архиепископ Лотарингии (в дальнейшем — кардинал), пользовался большим авторитетом в церкви. Отныне эти два клана, Монморанси и Гизы, оказывали решающее влияние на политику короля. А вот роль принцев крови в царствование Генриха II была относительно невелика. Старшего из них, Антуана Бурбона, король и вовсе удалил из Парижа, женив на Жанне д’Альбре, единственной наследнице Наваррской короны.
Впрочем, несмотря на радикальную смену лиц при дворе, Генрих II сохранил преемственность с политикой своего отца. Происходило дальнейшее укрепление центрального государственного аппарата, для чего внутри Королевского совета были созданы специализированные должности государственных секретарей, сюринтендантов и генерального контролера финансов. Столкнувшись с массовыми восстаниями в юго-западных провинциях (1548–1549), вызванными увеличением налогов, правительство старалось шире использовать альтернативные источники финансирования, формируя и развивая систему государственных займов.
Особенно ярко преемственность двух царствований проявилась в религиозной сфере. Начавшиеся в последние годы правления Франциска I преследования сторонников Реформации были не только продолжены его сыном, но и приобрели еще больший размах. Уже в октябре 1547 г. для борьбы с протестантизмом Парижский парламент создал специальную палату, получившую название «Огненной». Только в течение последующих трех лет она вынесла подозреваемым в «ереси» более пятисот приговоров, в большинстве смертных.