После возвращения на родную землю отдохнуть им пришлось не сразу. Миллионы советских людей хотели их увидеть, услышать из их уст рассказы о жизни и работе на дрейфующей льдине. Два месяца были заняты встречами, митингами, выступлениями. Но время шло, и пора было переходить к практической работе.
П. П. Ширшов и Е. К. Федоров возглавили научные учреждения, занимающиеся проблемами освоения Арктики, ибо, как показал многолетний опыт, Арктику можно было «завоевать» только на основе достижений науки. И. Д. Папанин и Э. Т. Кренкель получили руководящие должности также на арктическом поприще. Первое время пути Ширшова и Федорова шли вместе. Они вернулись в Ленинград. Петр Петрович был назначен директором Всесоюзного арктического института, а Евгений Константинович — его заместителем. В январе 1939 г. они выступили с научными докладами на общем собрании Академии наук СССР и были единодушно избраны: Ширшов — академиком, Федоров — членом-корреспондентом АН СССР. Представляя кандидатуру Ширшова, выдающийся советский ученый академик Н. И. Вавилов так писал в Президиум АН СССР: «Биологические открытия Петра Петровича совершенно опровергли прежнее представление об отсутствии органической жизни в районе полюса… Одно из заблуждений мировой науки было опровергнуто работами молодого ученого…»[69]. Ширшов недолго оставался на посту директора института. В апреле 1939 г. он был назначен первым заместителем начальника Главсевморпути. Помимо руководства арктической наукой, на него был возложен самый ответственный участок — руководить всеми морскими перевозками. Это был период, когда надо было претворять в жизнь решения XVIII съезда ВКП(б), поставившего перед полярниками задачу: «Превратить к концу третьей пятилетки Северный морской путь в нормально действующую водную магистраль, обеспечивающую планомерную связь с Дальним Востоком»[70]. На этой работе Петр Петрович прошел хорошую школу государственного деятеля и стал авторитетным руководителем арктического флота.
В 1941 г., когда началась Великая Отечественная война, П. П. Ширшов организует первую арктическую навигацию в условиях военной обстановки. Осенью того же года его назначают уполномоченным Государственного Комитета Обороны СССР по четырем железным дорогам восточного направления. Он координирует работу по эвакуации из Москвы населения, заводов и фабрик, культурных ценностей и переброску на фронт воинских частей и боевой техники.
В феврале 1942 г. Ширшов становится народным комиссаром морского флота СССР. На его плечи легла ответственнейшая задача — руководить работой транспортного флота всего Советского Союза в наиболее тяжелый период, переживаемый Родиной, и помогать нашим доблестным Вооруженным Силам в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками. В своей деятельности Ширшов опирался на опытных работников, на организующую роль политотделов и партийных организаций на судах.