После войны поистине колоссальная работа была проведена работниками морского флота под руководством министра П. П. Ширшова (с 1946 г. наркоматы были преобразованы в министерства) по восстановлению народного хозяйства. Не являясь кадровым моряком, он имел большой практический опыт в организации мореплавания, а главное, обладал острым государственным умом и широким кругозором. Ширшов умел предвидеть генеральные пути дальнейшего развития морского транспорта и направлял на это усилия возглавляемого им коллектива моряков, который осуществлял в морском флоте подлинную научно-техническую революцию.
П. П. Ширшова с полным основанием можно назвать основоположником советской океанологии послевоенного периода. В марте 1941 г. он организовал в Академии наук СССР Лабораторию океанологии для обработки материалов станции «СП-1» и был назначен ее директором. Когда же закончилась война, Петр Петрович, несмотря на огромную занятость делами морского флота, вновь возвращается к науке. Он отчетливо представлял себе, какую большую роль должна сыграть наука в развитии мореплавания, обороне страны и народного хозяйства в предстоящий Чпериод, и поэтому добивался создания специального океанологического института. В декабре 1945 г. было принято постановление Совнаркома СССР об организации в системе Академии наук СССР Института океанологии. П. П. Ширшов был назначен его директором. Ему удалось объединить в этом институте лучших представителей советской морской науки.
В 1948 г. он перешел на ответственную работу в Совет Министров СССР и, несмотря на большую занятость, много внимания продолжал уделять научной деятельности. В Академии наук СССР Ширшов возглавлял ряд комиссий, которые разрабатывали важные проблемы наук о Земле.
Умер Петр Петрович в 1953 г. в полном расцвете творческих сил, на 48-м году жизни. Он оставил после себя богатое научное наследие. Его имя носит созданный им Институт океанологии Академии наук СССР. Память П. П. Ширшова увековечена на географической карте. Его имя носит бухта в архипелаге Земля Франца-Иосифа и подводный хребет в Тихом океане.
Е. К. Федоров вместе с П. П. Ширшовым начал коренную реорганизацию Всесоюзного арктического института по выполнению задач, поставленных партией и правительством перед полярной наукой. После ухода Ширшова из института его директором стал Е. К. Федоров. Вскоре он был назначен начальником Главного управления гидрометеослужбы (ГУГМС), где началась перестройка деятельности сети гидрометеостанций для нужд всего народного хозяйства. В годы Великой Отечественной войны 1941-1945 гг. Гидрометеослужба была включена в состав Вооруженных Сил СССР и выполняла важные задания по обслуживанию авиации и Военно-Морского Флота. Руководил ею начальник ГУГМС генерал-лейтенант Е. К. Федоров.