Как самостоятельный философ Боэций наиболее ярко проявил себя в сочинениях, составивших корпус так называемых Opuscula sacra, то есть теологических работ. Этот корпус составляют: "Каким образом Троица есть единый Бог, а не три бога" (Quomodo Trinitas unus Deus est ас поп tres dii), "Могут ли "Отец", "Сын" и "Святой Дух" сказываться о Божестве субстанциально" (Utrum Pater et Filius et Spiritus Sanctus de divinitate substantialiter praedicentur), "Каким образом субстанции могут быть благими в силу того, что они существуют, не будучи благами субстанциальными" (Quomodo substantiae in ео quod sint bonae sint cum поп sint substantialia bona), "Книга против Евтихия и Нестория" (Liber contra Eutychen et, Nestorium), "О католической вере" (De fide catholica). Хотя все эти трактаты затрагивают преимущественно теологическую проблематику, при решении богословских вопросов Боэций активно использует средства, предоставляемые философией и логикой. В трактате "Против Евтихия и Нестория" философ дает свое знаменитое определение личности; здесь же мы находим совершенно новую онтологию, отличную от онтологии Аристотеля и некоторых других античных авторов. Интерес к теологическим сочинениям Боэция в Средние века был очень высок. Среди комментаторов его работ были Гильберт Порретанский и Фома Аквинский.
Несмотря на свою активную научную деятельность, Боэций, следуя традициям своей семьи, не оставался в стороне и от дел государственных. В 510 г. он становится консулом, а в 522 г. занимает должность "магистра всех служб" - высший административный пост в королевстве остготов, возникшем в конце пятого столетия на руинах Западной Римской империи. Однако Боэций недолго находился при дворе остготского короля Теодориха: в 523 г. он был обвинен в антигосударственной деятельности, заключен в тюрьму, а затем казнен.
В тюрьме Боэций написал свое самое знаменитое произведение - "Утешение философией" (Consolatio philosophiae). В "Утешении" затрагиваются многие метафизические и этические проблемы, как то: природа Бога, предопределение и судьба, свобода воли и происхождение вселенной. В Средние века "Утешение" было чуть ли не самым известным и популярным философским произведением. Его читали государственные деятели, поэты, теологи и философы. Книга была переведена на староанглийский и старонемецкий языки. Влияние "Утешения" можно проследить у Данте, Чосера, в англо-норманнской и провансальской поэзии.
Уже в раннем Средневековье в Павии возникло почитание Боэция как святого и мученика. Официально Боэций был канонизирован 15 декабря 1883 г. указом папы Льва XIII.