После Реформации представления об эвтаназии вновь изменились. Философы новой эпохи указывали на зыбкость границ между мученичеством, жертвенностью и самоубийством и ссылались на жизнеописания библейских героев. В XVII веке к этим вопросам обратился английский поэт, юрист и священник Джон Донн, который структурировал существующую дискуссию в своей работе «Биатанатос». Обращаясь к Священному Писанию и работам Августина Блаженного, Донн проанализировал исторические кейсы самоубийств с правовой точки зрения. Он пытался разобраться, например, чем было самопожертвование плененного Самсона, который обрушил на себя и своих врагов каменную крышу дворца? Разве это не самоубийство: «Умри, душа моя, с филистимлянами!»? Постепенно автор подводил читателей к главному историческому кейсу — смерти Иисуса Христа. Донн полагал, что Христос не просто добровольно дал себя убить: он упорно искал смерти и нисхождения в ад, чтобы освободить души праведников и открыть им райские врата. А значит, Иисус вполне может считаться самоубийцей. Главный вопрос, который формулирует Донн, звучит так: в чем кардинальные отличия между альтруистическим и эгоистическим самоубийством? Почему мы поощряем одно и осуждаем другое? С этих вопросов начинается третий этап в дискуссии вокруг эвтаназии, длящийся до середины XIX века.
Интерес к теме самоубийства и эвтаназии в новое время был следствием расцвета европейской гуманистической философии, ковавшей новый проект человеческой личности. Общество бурно обсуждало фундаментальные проблемы вроде прав личности, свободы воли, злой или доброй природы человека. Философы того времени еще не видели разницы между самоубийством и эвтаназией, и их дискуссия по этим вопросам была всего лишь составной частью куда более фундаментальных споров о взаимоотношениях государства, церкви и месте человека в меняющемся мире. Кроме того, философы Нового времени активно черпали идеи из античной культуры и часто воспроизводили и развивали наследуемые категории. Например, все ту же категорию «достоинства» — на новом витке истории мыслители пытались ответить на вопрос: а что вообще значит «жить достойно»?
Одним из первых защитников эвтаназии в новую эпоху стал знаменитый юрист и философ Томас Мор. В своем политическом трактате «Утопия», написанном в 1516 году, он предложил умерщвлять безнадежно больных граждан, если они этого просят. Для ярого католика Мора эвтаназия была возможна только с одобрения священников и магистрата. Спустя почти век его аргументы развил английский философ Фрэнсис Бэкон, опубликовавший в 1605 году работу под названием «Совершенствование обучения». В ней он дал определение эвтаназии и определил ее связь с медициной