Элитарный, «выборный», если хотите, то «гвардейский» статус стрельцов со временем претерпел определенные перемены. Убедившись в высокой боеспособности и эффективности стрелецкого войска и его надежности, в Москве решили распространить этот опыт на всю страну. По меньшей мере, с начала 60-х гг. XVI в. (если не раньше, с середины 50-х гг.), в городах (в первую очередь пограничных) начинают создаваться подразделения городовых («жилецких») стрельцов. С их появлением численность стрелецкого войска быстро увеличивалась (причем равно как численность собственно стрельцов московских, стоявших в неписаной иерархии стрелецкого войска ступенью выше городовых, так и «жилецких»). Более того, с учреждением Иваном Грозным знаменитой опричнины в ее составе во 2-й половине 60-х гг. заводятся собственные опричные государева двора стрельцы, которые были впоследствии дополнены еще и дворовым же аналогом городовых стрельцов — стрельцами дворцовыми, которые набирались и стояли гарнизонами в дворцовых городах. Эта сложная структура стрелецкого войска после смерти Ивана Грозного подверглась определенному упрощению — можно предположить, что дворовые стрельцы стали стремянными, московские заняли в стрелецкой иерархии место ступенькою ниже стремянных, ну а дворцовые и городовые слились в один разряд.
Рост численности стрелецкого войска вызвал и определенные перемены в системе его комплектования. Если изначально они были «выборными», т. е. отбирались, очевидно, из числа уже существовавших подразделений пищальников, то затем стрельцов стали «прибирать» из всякого рода вольных, нетяглых людей, которые подходили бы для стрелецкой службы по физическим и возрастным данным. Впрочем, в случае необходимости (как это было, к примеру, в «польских» городах на «крымской украине» в конце XVI в., власти могли закрыть глаза на то, что в стрельцы вербовались и крестьяне-тяглецы.
Одновременно с увеличением численности стрельцов и усложнением структуры стрелецкого войска изменяется и система управления ими. На первых порах, пока стрельцы числились по дворцовому ведомству, и управлялись они в административно-судебном плане, равно как и получали свое жалованье, денежное и хлебное, из Дворца и его «подразделений» (той же Казны). И в военно-административном отношении они также на первых порах подчинялись, вероятно, государеву оружничему, а в походе — дворовым воеводам или воеводам тех «титульных» полков, которым они придавались по государеву приказу. Лишь позднее, на рубеже 60–70-х гг. XVI в., возникает специальный орган управления стрельцами — Стрелецкая изба (позднее приказ). Тогда же стрельцы появляются в составляемых разрядным приказом росписях полевых ратей. Напрашивается предположение, что тогда в истории стрелецкого войска происходят важные перемены, связанные с изменением статуса стрельцов (если и не всех, то большей части точно), но суть этих перемен пока ускользает от нас — слишком мало документов и свидетельств очевидцев сохранилось от того времени. Но эти перемены пришлись, что называется, ко двору — по крайней мере, каких-либо других серьезных изменений в статусе и подчиненности стрелецкого войска в последующие десятилетия мы не наблюдаем равно как во времена, предшествовавшие Смуте, так и в первые десятилетия после нее.