Резкая перемена в геологическом строении долины Нила происходит в Джебель эль-Силсила, в 40 милях к северу от Абу, где нубийский песчаник уступает место более мягкому египетскому известняку. Высокие песчаниковые утесы, возвышающиеся прямо над водой, служили четким ориентиром для судов, плывущих и вверх, и вниз по реке. Они же были удобным источником строительного материала – больших блоков песчаника, из которых строили огромные здания на более поздних этапах развития египетской цивилизации.
За Джебель эль-Силсила долина расширяется, пейзаж становится спокойнее, холмы, обрамляющие ее – ниже. Сельскохозяйственный потенциал этой области гораздо больше, а потому и население здесь многочисленнее, чем на дальнем юге. На этом основании возникли и неуклонно разрастались Фивы, крупнейший город Верхнего Египта на протяжении всей древней истории страны. Главные населенные пункты всегда располагались на восточном берегу Нила, где долина шире; крутые же обрывы западного берега, с пустыней, раскинувшейся у их подножий, представляли собой идеальное место для захоронений – удобное своей близостью к городу и всё же уединенное. Таким образом, Фивы были разделены, как географически, так и идеологически, на город живых (где всходило солнце) и город мертвых (где солнце закатывалось). Полезна была также сеть дорог и троп, пересекавших пустыню за холмами западного берега. Тот, кто контролировал эти пути быстрого доступа в разные точки страны, получал серьезное стратегическое преимущество. Неудивительно, что они были предметом раздоров и играли решающую роль в напряженные моменты египетской истории. Кроме того, они позволяли Фивам регулировать доступ в Нубию с севера.
На небольшом расстоянии от Фив русло Нила изгибается на восток, образуя «излучину Кена», которая подводит реку максимально близко к Красному морю. Поэтому восточный берег был естественным пунктом отправления экспедиций в горы близ Красного моря – т. е. в золотые рудники и каменоломни, – и к самому морю. Фараоны часто посылали торговые экспедиции из портов на Красном море в отдаленную, сказочную страну Пунт (побережье Судана и Эритреи). При Птолемеях и римлянах Красное море открывало самый короткий морской путь в Индию, и в пустынях к востоку от излучины Кена кипела торговая и военная деятельность.
Севернее Кены долина Нила снова меняется, становится гораздо шире, изъеденные эрозией утесы здесь едва виднеются на горизонте. Несмотря на то что северная часть Верхнего Египта наиболее развита в сельскохозяйственном отношении, она всегда оставалась «тихой заводью», поскольку была отчасти изолирована от центров политики. Единственным заметным исключением в доисторический период и при ранних династиях стал Тинис – возможно, потому, что он господствовал над самым коротким путем от Нила к оазисам. В более поздние периоды престиж Абджу как древнейшего царского некрополя придал ему важное религиозное значение, и он стал главным центром паломничества во всем Египте, причем этот статус остался за ним навсегда. Во время гражданской войны, последовавшей за падением Древнего царства, Абджу был главным призом, и его область неоднократно становилась ареной борьбы между соперничающими центрами на севере и юге Египта.