В течение многих веков базилика неоднократно перестраивалась. Первоначально она имела один главный купол, в XIV в. к ней соорудили пристройку, а с приходом турок она была приспособлена под мусульманскую мечеть, с возведением минарета. Это совершенно исказило храм, но лишь в 1950-е гг. он был восстановлен в первоначальном виде и отреставрированы фрески.
Охрид дал христианскому миру святых Климента и Наума, особенно почитаемых в Болгарии и Македонии, бывших учениками великих создателей славянской письменности Кирилла и Мефодия. Они проповедовали сначала вместе со своими учителями в Моравии, а после их кончины перебрались в Охрид. Здесь святой Климент усовершенствовал, по преданию, азбуку-глаголицу и назвал ее кириллицей в честь святого Кирилла, которой мы пользуемся и сегодня. Святитель Климент считается первым славянским писателем, занимавшимся помимо славянских переводов, начатых святыми Кириллом и Мефодием, и обширным литературным трудом, оставившим первые образцы духовных размышлений на новом языке. Он явился создателем крупнейшего культурного и духовного центра в Охриде, откуда распространялись в другие страны на славянском наречии Священное Писание и богослужебные книги. Мощи святого Климента упокоились в 916 г. в древнем охридском монастыре Святого Пантелеймона.
Его соратник и помощник святой Наум положил здесь начало монашеству, основав в 900 г. на скалистом берегу озера монастырь, он продолжил просветительские труды истинного пастыря. Святые почитаются так же, как основоположники болгарской религиозной литературы. Чудотворные мощи святого Наума покоятся в возведенном им монастыре, где можно прикоснуться к одной из тайн нашего времени — услышать биение сердца святого. Многие пытались разгадать эту неразрешимую загадку, но она остается пока непознанным чудом христианства. Приложившись к деревянной крышке усыпальницы святого Наума, явственно можно услышать редкие удары сердца, фиксируемые и специальной аппаратурой. Существует расхожее объяснение этого феномена — затянувшийся летаргический сон, но вряд ли это сможет удовлетворить верующее сердце. Сейчас рака с телом святого совсем не открывается, дабы, возможно, не нарушить хрупкий баланс жизни и смерти. При жизни святой творил многочисленные чудеса исцелений, и теперь по-прежнему, по молитвам к нему, благодатной силой исцеляются душевные и физические болезни. Поэтому так много к нему прибывает паломников. Хотя надо сказать о безрадостной картине, наблюдаемой теперь в монастыре, с грустью констатируя, что здесь остался лишь один насельник. Зато в келейном корпусе обители расположился доходный отель с рестораном, а на паперти горделиво красуются глупые павлины.