О Курском образе прослышал царь Федор Иоаннович, распорядившийся в 1597 г. принести икону в Москву. Здесь икону вставили в деревянную раму и расписали по периметру образами Саваофа и пророков, возвестивших воплощение Сына Божия от Пречистой Девы. Царица Ирина Федоровна украсила икону богатой ризой и шитыми золотыми пеленами, после чего она была торжественно возвращена в пустынь. Здесь скоро возвели церковь Рождества Богородицы, над источником соорудили храм во имя Живоносного источника и основали монастырь. Город Курск постепенно восстанавливался, а при угрозе нового татарского нападения святой образ для безопасности перенесли в Курск, оставив в обители лишь список. Много пожертвований ей преподнес Борис Годунов, благоговевший перед святыней, которую считали заступницей в дни страшного голода, случившегося при нем. В 1603 г. самозванец Лжедмитрий I взял святой образ в свой лагерь в Путивле и молился перед ним, а потом перенес его в свои царские чертоги в Москве. После Смутного времени икону поместили в Успенском соборе.
Благодатную помощь оказал жителям Курска и список иконы, перенесенный ими из пустыни. Во время осады Курска поляками в 1612 г. святым образом обносились стены крепости, и молил православный народ Богородицу спасти их. Дали тогда жители обет, что возведут в городе монастырь в случае освобождения от осады. А если возвратится первообраз из Москвы, то установят его в новой обители. После победы куряне выполнили данный Богородице обет, построили монастырь во имя Знамения Пресвятой Богородицы, а в 1615 г. по их прошению был возвращен из Москвы чудотворный образ и оставлен в Курске. Тогда же установился обычай совершать крестный ход из Курска в Коренную пустынь, оставляя образ там на некоторое время. Количество богомольцев всех сословий, принимавших в нем участие, всегда отличалось огромным стечением народа. Особенно больших масштабов достигали крестные ходы во второй половине XIX в., когда сходилось до 60 тыс. человек, а эти дни стали нерабочими. Все считали своим долгом сопроводить икону в пустынь, что, по словам очевидца, «такого не встретить не только в России, но и во всей Европе». Один из таких крестных ходов запечатлел в своей картине «Крестный ход в Курской губернии» художник Илья Репин. Во время такого крестного хода в 1767 г. был исцелен юный Прохор Маш-нин, впоследствии преподобный Серафим Саровский (см. Свято-Троицкий Серафимо-Дивеевский монастырь). Так святая икона оказалась связанной с житием великого русского чудотворца.
Чудотворной иконой не раз благословлялись русские войска в минуты тяжелых опасностей. В 1676 г. она посылалась на Дон для благословения храбрых донцев, при походе в Крым в 1689 г. ее изображение украсило полковые знамена, ее список в 1812 г. посылался М.И. Кутузову. Чудеса и знамения от иконы поражали современников своей Божественной силой на протяжении веков, и слава о ней шла по всей России. Она стала не только покровительницей Курской земли, но и общенациональной святыней, с нее везде распространялись многочисленные списки.