До войны с Грузией в 1990 г. Сухумо-Абхазская епархия входила в состав Грузинской православной церкви, получившей свою независимость от РПЦ в СССР по распоряжению И.В. Сталина. Но сегодня грузинское духовенство покинуло Абхазию. Из 140 абхазских храмов в настоящее время действует лишь 15 и два мужских монастыря — Новоафонский и Команский. На великодушное предложение Патриарха Московского Алексия прислать сюда для исполнения церковных обрядов русских священников Грузинская церковь ответила категорическим отказом, не желая никого пускать на свою «каноническую территорию».
Монастырь Святого апостола Симона Кананита на Новом Афоне, или Новоафонский монастырь, был основан в 1875 г. монахами со Святой Горы Афон в Греции. И скоро он стал для России главным центром Православия на Кавказе, оплотом христианской веры и просвещения.
А история православного Новоафонского монастыря началась с обращения в 1874 г. группы святогорских монахов, из русской обители Святого Пантелеймона, к наместнику Кавказа великому князю Михаилу Романовичу, с прошением о предоставлении земли для устройства новой обители. Высочайшее согласие скоро было дано, и в августе 1875 г. они прибыли в Абхазию для подбора места для нового монастыря. Их выбор стал не случаен, ведь святость этого места относит нас к первым векам христианства и вызывает священные воспоминания о тех временах, когда здесь проповедовали апостолы Андрей Первозванный и Симон Кананит. Монастырь решили строить у древнего храма апостола Симона Кананита[34], где, по преданию, почивают его мощи, а рядом находится пещера, где он молился.
Уже на следующий год на берегу Черного моря началось строительство нижней части монастыря, а через восемь лет приступили к возведению верхнего монастырского комплекса, для которого потребовалось вначале расчистить площадку, предварительно убрав часть горы и вывезя десятки тысяч тонн горной породы. Причем к месту будущего монастыря не было никаких подъездных путей. Несмотря на многочисленные трудности и огромный объем работ, нагорный монастырь был возведен и освящен в 1896 г.
Всего в обители было возведено шесть храмов: надвратный храм во имя Вознесения Господня, храм Святого апостола Андрея Первозванного, храм в честь преподобных отцов афонских, храм во имя мученика Иерона и храм в честь иконы Божией Матери «Избавительница». Самым грандиозным сооружением монастыря стал собор во имя великомученика Пантелеймона, построенный в нововизантийском стиле, популярном в русском зодчестве в конце XIX — нач. XX в. Возведенный архитектором Н. Никоновым пятикупольный храм в 1888–1900 гг. стал доминантой монастыря, возвышаясь в центре обители среди служебных корпусов, спроектированных по периметру четырехугольника. Длина собора составила 53,3 м, ширина — 33,7 м, а высота центрального купола 40 м. Вместимость собора составила более трех тысяч человек, став крупнейшим культовым сооружением на Кавказе.