Дальнейшее утверждение христианства в Абхазии во многом связано с именем византийского императора Юстиниана I, развернувшего массовое церковное строительство во всей империи. Здесь, на месте древнего языческого святилища в Пицунде, им возводится храм Богородицы и присылаются сюда священнослужители. При нем христианство в 529 г. официально становится государственной религией Абхазии. По мере роста влияния Абхазского государства христианство распространяется и дальше на северокавказские народы. Так, по инициативе абхазских царей, проводится крещение аланских племен.
В Абхазии сохранилось пять храмов VIII — XI вв., которые можно считать классикой абхазской архитектуры. Это соборы в Пицунде, Лыхны, Новом Афоне, Мокве и Архызе. Пицунда исстари служила местопребыванием абхазских католикосов, она считалась центром православной жизни в Абхазии. На рубеже X–XI вв. в центре Пицундского мыса воздвигается величественный трехнефный однокупольный храм с тремя круглыми абсидами, дошедший до нашего времени без значительных изменений. В притворе сохранились росписи XV в. Один из известнейших средневековых памятников Абхазии, несущий в себе неразрывную духовную связь поколений, с 1975 г. стал, к сожалению, органным концертным залом.
Другим не менее значимым религиозным центром было село Моква, бывшее «матерью Абхазии», где размещалась архиепископская кафедра, игравшая для абхазов громадное значение. В древнем Моквинском храме во имя Успения Божией Матери (XIV в.) упокоились многие абхазские епископы, владетельные князья и иереи. Храм отличался богатством и великолепием, был украшен мраморными колоннами, имел даже мраморный иконостас. Он по-прежнему удивляет своей величественностью, лишь утратив свое былое внутреннее благолепие. Полчища персов, турков-сельджуков, арабов не раз проходили по этой земле, разоряя храмы и сёла, истребляя огнем и мечом христианские святыни. Поэтому так мало осталось драгоценных святынь, что пощадило жестокое время.
С приходом в Абхазию турок в XVII в. начинается исламизация населения. Христианские храмы пустеют, святыни прячутся в безопасных местах. Однако ислам не становится основной религией для абхазов.
Остатки языческих верований плотно переплетаются здесь с приходящими религиями. Религия абхазов, по замечаниям тогдашних современников, представляла собой смесь христианства с пантеизмом. Когда русские войска впервые вошли в Пицундский храм, то нашли его переполненным рогами животных и другими языческими приношениями. После добровольного присоединения в 1810 г. к России принимаются меры к восстановлению истинного Православия в Абхазии и проводится массовое крещение абхазов. Прекращается независимость Абхазской церкви, ставшей епархией.