Высший военный совет «объединял действия всех отдельных отрядов, затем постепенно выросли западная и северная завесы, составлявшие как бы подвижный партизанский фронт мелких отрядов, оборонявших важнейшие направления, железнодорожные и другие пути сообщения, узлы железных дорог и т. д. Появились штабы западной и северной завесы, штабы отдельных отрядов и районов. В штабах появились разведывательные отделения, начали поступать сведения, появляются первые схемы и сводки». Появляются разведывательные отделы при штабах военных округов.
10 июня 1918 г. Шапошников препроводил в разведывательное отделение штаба военного руководителя Западного участка отрядов завесы переведенные на русский язык материалы, поступившие от французской военной миссии. При этом Борис Михайлович уточнил: «Кроме разведыв[ательных] сводок, в которых сообщаются находящиеся у французов разного рода данные, препровождаются также изложенные в виде ряда вопросов сведения, нуждающиеся в проверке; такие сводки препровождаются для проверки и дополнения имеющимися у Вас данными, а в случае нужды и для выяснения их дополнительной специальной разведкой (посылкой агентов). Благоволите ответы на вопросы, находящиеся в таких сводках, присылать почтой по специальной форме».
Однако Высший военный совет не стал единым органом по решению всех вопросов военного строительства. Параллельно с ним работу по организации и материальному обеспечению новой армии, демобилизации старой армии, ломке старого военного аппарата управления осуществлял Наркомвоен, руководство боевыми действиями против контрреволюции — оперативный отдел Наркомвоена, включенный в его состав из штаба Московского военного округа 11 мая 1918 г. (приказ Наркомвоена № 357). В Высшем военном совете сосредоточилась главным образом деятельность по разработке проектов и планов организации военного управления и формирования новой армии, обороны западной границы Республики.
8 мая 1918 г. вместо Всероссийской коллегии по организации и управлению Красной армии, а также продолжавших действовать к тому времени учреждений старой армии (Главного управления Генерального штаба, Главного штаба, Главного комиссариата военно-учебных заведений, Управления по ремонтированию (комплектованию) армии) создавался центральный военно-административный орган — Всероссийский главный штаб, на который возлагались организационные вопросы военного строительства: мобилизация, формирование, устройство, обучение войск, разработка уставов, наставлений, руководство органами местного военного управления. Начальником ВГШ стал бывший Генерального штаба генерал-майор Н.И. Стогов.