«Общая задача военной контрразведки, — говорилось во 2-й главе “О контрразведывательной службе” Общего положения, — состоит в изучении системы и методов действия органов иностранной военной разведки и в обнаружении, обследовании и пресечении деятельности иностранных военных шпионов, а также организаций и лиц, деятельность коих, преследуя интересы иностранных государств, направляется во вред военным интересам России и состоящих с нею в союзе держав».
Как и в случае с военной разведкой была закреплена и децентрализация военной контрразведки. «Органами, ведающими активной контрразведкой, — отмечалось в “Общем положении”, — являются:
«а) Регистрационная служба Всероссийского Главного Штаба;
б) Отделы и отделения регистрационной службы штабов военных округов;
в) Отделения регистрационной службы при Высшем Военном Совете и штабах участков и районов войсковой завесы;
г) Отделение военного контроля при Оперативном Отделе народного Комиссариата по военным делам и могущие учреждаться последним особые подчиненные ему органы на местах…
Особое отделение регистрационной службы Всероссийского Главного Штаба, не имея ограниченной территории для своей деятельности, ведет контрразведку за границей, ведает противодействием иностранному шпионажу в Российских центральных учреждениях ведомств военного и иностранных дел и наблюдением и обследованием шпионской деятельности иностранных посольств, миссий и других официальных представителей иностранных государств при центральных учреждениях в России…»
Но на практике разработанные в июле положения не действовали. Руководство ВСО ВГШ спустя месяц отмечало: «В жизнь все это проведено не было вследствие непрерывной перемены во взглядах на это центральных органов военных ведомств…»
Каждый из центральных органов разведки и контрразведки организовывал агентурную разведку по своему пониманию и разумению.
Приказом народного комиссара по военным делам от 11 мая 1918 г. Оперативный отдел штаба МВО был переподчинен Наркомвоену. Семен Иванович Аралов сохранил за собой должность заведующего Оперодом. Перейдя из структуры штаба Московского военного округа в состав Наркомвоена, руководство Оперода явно нацеливалось на полную автономность и организационную самодостаточность. «По своей организации оперод был подготовлен к выполнению функций штаба Верховного главнокомандующего тех времен», — вспоминал Аралов в год 40-летия Вооруженных сил СССР.
С этой целью наряду с уже существующими отделениями (разведывательное и оперативное) создаются новые. Об этом свидетельствует перечень отделений Оперода к октябрю 1918 г.: оперативное (заведующий отделением левый эсер Н.В. Мустафин, затем большевик Е.В. Гиршфельд), разведывательное (заведующий отделением С.С. Краснов), военного контроля (контрразведывательное) (заведующий отделением большевик С.В. Чикколини, с июля 1918 г. — большевик М.Г. Тракман), учетное, передвижения (фактически — военных сообщений), общее (управление делами), военно-топографическое, военно-политическое, военно-цензурное, секретариат и «комиссия по подаркам» (предтеча наградного отдела РВСР).