В 1918 году великая княгиня Елисавета Федоровна была арестована отрядом латышских стрелков и в том же году, вместе со своей келейницей инокиней Варварой (Яковлевой), живой сброшена в шахту неподалеку от города Алапаевска.
Обитель была вновь открыта в 1992 году. Сейчас в обители есть монашествующие сестры, а также сестры милосердия, как и во времена великой княгини.
Небесные покровительницы Марфо-Мариинской обители милосердия, праведные Марфа и Мария, были сестрами друга Спасителя, праведного Лазаря. Жили они в Вифании, селении, находящемся неподалеку от Иерусалима на одном из склонов Елеонской горы. Их жизнь, вера в Господа, а также пример служения ближнему всегда почитались христианами и являлись образцом для подражания. В память о чуде, совершенном Господом с их братом, праведным Лазарем, в небольшом отдалении от Москвы, близ Свято-Троицкой Сергиевой лавры в XVIII веке была основана одноименная пустынь Вифания.
Пустынью обычно называют уединенную обитель, келью или лачугу отшельника, одинокого богомольца, уклонившегося от сует. Изначально пустынь Вифания была образована в мае 1783 года как кладбищенское отделение Свято-Троицкой Сергиевой лавры, но впоследствии стала Спасо-Вифанским монастырем. Место для основания Вифании было выбрано митрополитом Московским и Коломенским, а в то время еще архиепископом Платоном (Левшиным, 1737–1812). Митрополит Платон был известным проповедником, в Москве его называли «вторым Златоустом». Он был законоучителем и воспитателем наследника российского престола, будущего императора Павла I Петровича.
Центром пустыни стал задуманный митрополитом Платоном и реализованный архитекторами Николаем Матвеевичем Одоевским и Василием Семеновичем Яковлевым овальный собор, вытянутый с запада на восток с окнами в два ряда. Храм внутри поделен на два яруса открытыми хорами – большим балконом, на который ведут две лестницы и который опоясывает весь храм. В восточной части церкви, прямо напротив входа, скульптор Конон Песков создал искусственную гору, символизирующую евангельскую гору Фавор, на вершине которой и находится главный алтарь круглой формы, освященный в честь Преображения Господня. Прямо под ним на нижнем уровне, будто в пещере, находится придел во имя Воскрешения Лазаря.
Митрополит Платон, объясняя идею создания этого необычного собора, говорил, что между нижним храмом Воскресения и верхним Преображения есть таинственная связь. Как выходя из нижнего храма, мы (живя в мире, подверженном тлению) восходим в верхний, так, «выходя из гроба воскресением, восходим мы в храм славы, преобразуясь из тления в нетление». Нельзя удостоиться преображения, пока не удостоился воскресения. Гора, ведущая к главному алтарю, была покрыта мхом, цветами и другой растительностью, а на уступах, по свидетельству современников, сидели зверьки.