Если большинство мыслителей XII в. занимались богословием и метафизикой, то некоторые посвящали себя занятиям естественной философией, физикой. Это были почти исключительно иностранцы: Александр Неккам, автор трактата «О природе вещей», где он с большой силой нападает на школьных логиков, Альфред Английский и Роджер Бэкон. Последний, бывший, по выражению Ренана, «царем мысли в Средние века и своего рода позитивистом», оставил замечательную критику методов преподавания, господствовавших в то время. Он предугадал верные методы, и любопытно слышать из его уст, что у него были друзья, учителя и ученики, разделявшие его идеи, антипатии и стремления.
Когда Роджер Бэкон прибыл в Париж, схоластический университет находился в поре полного расцвета; однако Бэкон обратился не к профессорам, пользовавшимся известностью, а к людям скромным и знающим, к учителям Николаю, Жану и Пьеру, которых он восторженно восхваляет в своих сочинениях. Здесь, в темной трапезной, свободно и смело высказывались суждения о господствующих лицах и методах; здесь анализировались все недостатки, убившие схоластику. Первым из этих недостатков было преувеличенное уважение к авторитету — к авторитету Аристотеля и учителей, на которых схоластики ссылались с такой уверенностью, как если бы они обладали превосходными текстами их сочинений, тогда как на самом деле в их руках были лишь искаженные тексты, — или к авторитету, вытекающему из общего согласия. Этот недостаток не ускользнул от внимания друзей Бэкона: «Без сомнения, следует уважать древних и быть благодарными тем, кто проложил нам дорогу, но не следует забывать, что и они были люди, подобно нам, и не раз заблуждались. Сам Аристотель не все знал; он сделал то, что было возможно для его времени, secundum possibilitatem sui temporis, но он не дошел до предела мудрости. Святые также не непогрешимы. Ссылка на предание — жалкий аргумент. Авторитет не имеет силы, если его не доказывают: non sapit nisi datur ejus ratio, он ничего не разъясняет, он заставляет лишь верить, он подчиняет себе ум, не просвещая его. Если бы еще мы знали подлинные слова тех, кого считают авторитетом! Но лучше было бы, если бы философия Аристотеля никогда не была переведена, чем чтобы ее перевели так, как это сделали. Иные кладут на нее 20–30 лет своей жизни, и чем более они трудятся над ней, тем менее они ее знают…» Эти критические замечания сопровождаются в сочинениях Бэкона не менее глубокими соображениями относительно другого слабого пункта схоластического метода, именно его преувеличенной веры в силу правильно построенного силлогизма и злоупотребления словесными различиями. «Что касается рассуждения, — говорит он, — то невозможно отличить софизм от доказательства, не проверив заключения путем опыта и применения. Самое вероятное заключение непрочно, если оно не проверено. Хотя Аристотель и признал силлогизм источником знания, но есть случаи, когда простой опыт учит лучше всякого силлогизма; существуют тысячи укоренившихся заблуждений, основанных на голом доказательстве (nuda demonstratio)». Но вся схоластика покоится на авторитете и рассуждении. Бэкон, не колеблясь, отвергает ее целиком: «Вот почему важнейшие тайны мудрости остаются в наши дни неизвестными толпе ученых за недостатком правильного метода». В другом месте он говорит: «Все новейшие ученые, за немногими исключениями, презирают науку — особенно новые богословы, вожди миноритов и проповедников, которые таким способом утешают себя в своем невежестве и выставляют свое тщеславие напоказ глупой толпе».