Вместо «ребяческого» метода Александра Гэльсского и Фомы Аквинского Бэкон предлагает метод своих учителей Тьера и Роберта Гростета, епископа Линкольнского: «Им можно противопоставить пример Роберта, блаженной памяти епископа Линкольнского. Он, окончательно потеряв надежду на Аристотеля, стал искать другого пути; он обратился к опыту, и относительно тех же вопросов, о которых трактует философ, сумел найти для себя и излагать другим истину в тысячу раз лучше, нежели это можно было бы сделать, изучая скверные переводы». «Opus tertium» содержит совершенно точное определение научного опыта и преимуществ экспериментального знания: «Существует естественный и несовершенный опыт, который не сознает своего могущества и не отдает себе отчета в своих приемах: им пользуются ремесленники, но не ученые. Выше него, выше всех умозрительных знаний и искусств стоит умение производить опыты, и эта наука есть царица наук: domina scientiarum omnium et finis totius speculations». «Opus minus» содержит полный план преобразования наук, под которым может подписаться человек XVI столетия. Прежде всего, по мнению Бэкона, следует отыскать настоящую древность. Для этого необходимо изучать грамматику, языки греческий и еврейский[23]; следует также вернуться к «риторической красоте» древних, к прежнему изяществу, которое так сильно отличается от отталкивающей формы современных сочинений. «Один латинский язык может лишь продлить невежество богословов и ученых». За грамматикой следует математика, особенно прикладная: «Физики должны знать, что их наука бессильна, если они не применяют к ней могущественную математику». Затем следуют мотивированные соображения, часто удивительно здравые, о преподавании логики, значение которой он чрезвычайно ограничивает, о ее месте в иерархии наук, о метафизике, философии вообще, о гражданском и каноническом праве. Несмотря на свой резкий тон, на доверие к своим личным познаниям и к познаниям своих друзей, реформатор, однако, не создает себе иллюзий относительно современного ему положения наук: «Если бы человек жил в смертной юдоли даже тысячи веков, он и тогда не достиг бы совершенства в знании; он не понимает теперь природы мухи, а некоторые самонадеянные доктора думают, что развитие философии закончено!»
Итак, в XIII в. были люди, способные здраво оценить схоластику, и если бы им были предоставлены те средства для деятельности, о которых Бэкон неустанно просил государей и пап, они произвели бы настоящее возрождение. Но Бэкон и его друзья не были поняты; несмотря на расположение к нему папы Климента IV, сам Роджер подвергся преследованию со стороны францисканцев, к которым он принадлежал. Рассказывают, что минориты, повергнутые в ужас сочинениями своего собрата, пригвоздили эти рукописи длинными гвоздями к доскам, где и оставили их гнить.