Тем не менее в 1887 году Набоков окончил гимназию с золотой медалью.
Мы не знаем, какие речи вел дома Дмитрий Николаевич, отец Владимира, и имели ли они влияние на политическое определение его детей, однако известно, что в гимназиях порядки царили самые суровые. Связано это было с попыткой подавить крамолу еще в зародыше, однако приводило, что неудивительно, к обратному результату. Ненависть к дисциплине из-под палки, стремление молодой, еще только формирующейся личности освободиться от гимназических порядков повлияли на Владимира самым прямым образом. Все это – а также неприятие государственного антисемитизма, о котором речь ниже, – сделали Набокова не пассивным либералом, как его отец, а либералом действующим.
В 1887 году Владимир Набоков поступил на юридический факультет Санкт-Петербургского университета, который, по кафедре уголовного права, с отличием окончил четыре года спустя – в 1891-м. Для студенчества время тоже было так себе: свободные собрания, кружки запретили еще в 1884 году (интересно, что по этому поводу думал тогдашний министр юстиции Дмитрий Набоков?), за профессорами следили, чтобы те чего лишнего не сказали на лекциях, была введена единая форма для студентов – с целью вычислять пришлых провокаторов во время восстаний, случавшихся чуть ли не ежегодно.
Как раз на университетские годы пришелся эпизод, не только ясно характеризующий Набокова, но и, как видится сейчас, предсказавший его роковой конец. В марте 1890 года в Санкт-Петербурге бушевала очередная волна студенческих протестов – разумеется, они были направлены на бóльшую свободу для университетов (а точнее, не на бóльшую, а хоть на какую-нибудь). 19 марта во время одной из демонстраций были арестованы несколько студентов, в числе которых был и Владимир Набоков. Узнав, что среди задержанных находится сын бывшего министра юстиции (хотя после отставки Дмитрия Николаевича прошло почти пять лет, фигурой он оставался знатной), начальство попыталось отпустить Набокова, с невинным видом напомнив, что отец ждет его к ужину. Владимир осведомился, отпустят ли его товарищей, которых тоже ждут к ужину их родные. Услышав отрицательный ответ, Набоков остался в камере. Той же ночью студентов перевели в «Кресты» (в данном случае это было лучше, чем сидеть в участке), а через четыре дня и вовсе отпустили. Товарищ Набокова по фамилии Могилянский утверждал, что именно упрямство Владимира помогло им так быстро – и без последствий – выйти на свободу.
Юридический факультет Набоков окончил в 1891 году. По рекомендации профессора Ивана Яковлевича Фойницкого, юриста и криминолога, Владимиру предложили остаться на кафедре уголовного права и судопроизводства для продолжения образования с перспективой преподавания там же.