На Особую группу НКВД СССР были возложены разработка и проведение разведывательно-диверсионных операций против гитлеровской Германии и ее сателлитов; организация подполья и партизанской войны; создание нелегальных агентурных сетей на оккупированной территории; руководство специальными радиоиграми с немецкой разведкой с целью дезинформации противника>324.
Подбор кадров для подпольного аппарата определялся тесным взаимодействием партийных органов и оперативных работников НКВД. Остро встал вопрос об использовании участников гражданской войны, тех, кто проявил себя в истребительных батальонах и в только что созданных, главным образом в Белоруссии, партизанских отрядах.
Забрасываемые в тыл врага группы обычно насчитывали 30‒50 человек. Но после первых же операций, если это было санкционировано руководством НКВД, они быстро вырастали за счет местного населения и военнослужащих, выходивших из окружения, и превращались в мощные партизанские отряды и соединения>325.
Как правило, личный состав оперативных групп перебрасывался в тыл противника посредством авиации с приземлением на парашютах в заданном районе. Многие из оперативных групп сами превращались в партизанские отряды.
Командированный в Смоленскую область для организации разведывательно-диверсионной работы А.К. Флегонтов уже 16 августа 1941 г. докладывал П.А. Судоплатову радиотелеграммой, что в Смоленской области под его руководством действуют 4 партизанских отряда численностью в 174 человека>326.
Таким образом, уже первые месяцы войны продемонстрировали эффективность работы нового чекистского подразделения. Но опыт первого года войны потребовал еще более значительной реорганизации в структуре органов государственной безопасности.
18 января 1942 г. для осуществления широкомасштабной разведывательно-диверсионной зафронтовой работы против Германии и ее союзников как на советской территории, так и в оккупированных странах Европы, на Дальнем и Ближнем Востоке, а также для оказания содействия советским и партийным органам в организации и боевой деятельности партизанских отрядов и диверсионных групп в тылу врага было создано 4-е управление НКВД СССР. Задачи нового управления в области организации партизанской борьбы были существенно сужены и направлены в большей степени на разведывательно-диверсионную, контрразведывательную и специальную деятельность на оккупированной советской территории>327.
Основным принципом, на основе которого осуществлялось организационное построение подпольного аппарата органов госбезопасности на оккупированной территории, являлась его полная децентрализация. Связывать одну резидентуру с другой, подчинять оставленные резидентуры и группы одному лицу, то есть создавать нечто вроде подпольного НКГБ, категорически запрещалось, так как такая организация подпольного аппарата, в случае провала одного звена, приводила к гибели всех остальных звеньев. Агентура должна сводиться в нелегальные резидентуры и группы. Вместе с тем, отдельные агенты должны оставаться на положении одиночек, не связанных ни с какими резидентурами. Они предназначались главным образом для спецзаданий.