Семью Маленкова, как и другие семьи начальства, эвакуировали в Куйбышев, где Валерия Голубцова с августа 1941-го по июль 1942 года работала инструктором отдела машиностроительной промышленности обкома партии.
В 1943 году ее назначили директором Московского энергетического института. После войны она построила целый городок МЭИ, благодаря ее энергии появились новые учебные корпуса, опытный завод, Дворец культуры, общежития и жилые дома для преподавателей. В голодное время под Москвой институту выделили подсобное хозяйство, чтобы улучшить питание в столовых. Она ввела для отличников и больных студентов талоны на усиленное питание.
После войны Голубцова проявила интерес к ракетным исследованиям. Открыла у себя факультет электровакуумной техники и специального приборостроения и уговорила поступить туда сына Хрущева Сергея Никитича.
Валерия Алексеевна руководила институтом одиннадцать лет. В 1951 году у нее случился тяжелый перитонит. Ее с трудом выходили. После этого она ушла с поста директора. Приказом президента Академии наук академика Александра Николаевича Несмеянова она получила должность заместителя председателя Комиссии по истории техники Отделения технических наук Академии наук.
Несмеянов был в долгу у семейства Маленковых. После смерти известного физика академика Сергея Ивановича Вавилова, который шесть лет возглавлял Академию наук, Маленков пригласил к себе именно Несмеянова и предложил ему возглавить академию.
Между Сергеем Вавиловым и Александром Несмеяновым — помимо крупных научных достижений — было еще нечто общее: репрессированные братья. Брат Сергея Вавилова, Николай Иванович, выдающийся биолог, погиб в заключении. Один из братьев Александра Несмеянова, Василий Николаевич, талантливый геодезист, был расстрелян в 1941-м.
Маленков знал, что Сталин любил иногда назначать на высокие должности людей с темными (по советским меркам) пятнами в биографии. Ему казалось, что такие люди будут служить еще преданнее.
В апреле 1944 года Маленков стал еще и заместителем главы правительства. Возглавил правительственный Комитет по восстановлению хозяйства в районах, освобожденных от немецких оккупантов, и Совет по радиолокации, в который вошли крупнейшие ученые. В мае 1946 года Сталин поручил ему председательствовать в Специальном комитете по реактивной технике при Совете министров.
Но в том же 1946 году он попал в опалу. Всесильному Георгию Максимилиановичу едва не сломал карьеру Василий Иосифович Сталин. В 1946 году вождь разослал членам политбюро письмо, в котором говорилось, что в авиапромышленности вскрыты крупные преступления — промышленность давала авиации негодные самолеты, а командование военно-воздушных сил закрывало на это глаза. Считается, что это генерал авиации Василий Сталин пожаловался отцу на плохие самолеты.