В XV–XVI веках появился в Японии сямисэн, также ведущий свое происхождение из Китая. Это трехструнный щипковый инструмент с квадратным корпусом и очень длинным грифом. Общая его длина — около 100 сантиметров. Корпус и гриф изготавливаются из древесины айвы, шелковицы или сандала. Шелковые струны защипываются большим плектром из панциря черепахи или рога буйвола. На этом инструменте играли не только представители аристократии, но и странствующие нищие слепые музыканты. Он стал основным музыкальным инструментом в японском театре Кабуки и театре кукол Бунраку. Игра на сямисэне также входила в обязательное обучение гейш и мико. Из него образовался очень на него похожий по форме струнный смычковый инструмент кокю. Играя на кокю, музыканты держат его вертикально, упирая в колени, в то время как сямисэн держат горизонтально или под небольшим наклоном.
Из духовых инструментов в Японии наиболее распространена большая бамбуковая флейта с пятью отверстиями для пальцев сякухати, стандартная длина которой около 55 сантиметров. Долгое время этот инструмент использовался в медитативной практике дзен-буддийских монахов — последователей школы Фукэ. Они считали, что, играя на сякухати, можно достичь самореализации. Также благодаря простоте конструкции он получил распространение в крестьянской среде. Звуки сякухати просты, красивы и действуют успокаивающе.
Очень типичный для японской культуры ударный инструмент — большой барабан тайко (дайоко). Барабаны тайко делятся на две большие группы. У одних кожаная мембрана жестко закреплена на деревянном корпусе гвоздями без возможности их настройки, другие можно настраивать с помощью шнуров и винтов. Играют на тайко толстыми палочками бати. Игру на барабанах тайко использовали в синтоистских обрядах, посвященных богу ветра, бури и водной стихии Сусаноо. Барабаны также звучат в народной и классической музыке. Эффектная, динамичная игра японских барабанщиков на тайко является одним из символов Японии, в данном случае музыкальных.
А, пожалуй, самый оригинальный японский музыкальный инструмент — суйкинкуцу. Точнее, это особое музыкальное приспособление, используемое в японских пейзажных садах, своеобразный поющий колодец. Суйкинкуцу представляет собой конструкцию из зарытого в землю перевернутого кувшина, в донышке которого делают небольшое отверстие, над ним помещается небольшая лужица или озерцо. Вода, по каплям проникая в отверстие, издает мелодичные булькающие звуки. При этом сам кувшин играет роль резонатора. Такое же устройство часто делали в рукомойниках, предназначенных для омовений перед чайной церемонией.