Наряду с профессиональными воинами самураями, в средневековой Японии были также воины, которые, как и самураи, с детства были подготовлены к выполнению самых трудных боевых задач. Их называли ниндзя (что в переводе с японского означает «скрывающийся», «тот, кто прячется»). Воины-ниндзя выполняли роль шпионов, лазутчиков, разведчиков-диверсантов, наемных убийц. С детства их обучали сложному искусству ниндзюцу («искусству скрытности»). Тайные кланы ниндзя возникли одновременно с появлением сословия самураев. Для ниндзя важнее всего было выполнить поставленную задачу и выжить любой ценой, чтобы передать добытые сведения тем, кто решил воспользоваться их помощью. В отличие от самураев для ниндзя не существовало каких-либо нравственных норм и религиозно-этических ограничений в методах ведения войны. Они стремились достичь цели любыми средствами.
Ниндзя не случайно называли «воином-тенью». Он мог внезапно появляться и незаметно исчезать. Любой предмет он мог превратить в оружие, и, будучи невооруженным, защититься от любого оружия. Он прекрасно ориентировался на местности, мог лазать по скалам и подниматься по отвесной стене, долго находиться под водой, дыша через соломинку. Ниндзя прекрасно видел в темноте, имел острый слух и обоняние, хорошо разбирался в медицине, владел искусством фитотерапии и иглоукалывания. Днем ниндзя носил обычный костюм, чтобы легко смешаться с толпой, а чтобы быть незаметным в ночной мгле, надевал одежду красно-коричневого, желто-коричневого или темно-серого цвета свободного покроя, которая не сковывала его движений. Оружием ниндзя был короткий меч, лук со стрелами и малозаметное оружие, которое легко можно было спрятать в одежде. На первый взгляд это были безобидные предметы — кольцо, но с шипами, палочки для еды, но с заточенными концами, спрятанные в трости клинки. Типичное оружие ниндзя также сюрикэны — металлические звездочки с острыми шипами. В качестве наемных убийц ниндзя могли использовать и быстродействующие яды.
Ниндзя находились вне системы общественных отношений и объединялись в особые кланы. Чтобы скрытно передвигаться по стране, они выдавали себя за крестьян, торговцев или цирковых акробатов. Поскольку их внезапное появление наводило ужас на самураев и даймё, их прозвали «демонами ночи». Существовали и женщины-ниндзя — куноити.