Далее, из представленных официальных справок и свидетельских показаний выяснилось, что Шарафов с давних пор обременён крупными долгами и имел никаких средств, кроме получаемого по службе содержания. Во время пребывания его в московской полиции сумма предъявленных к нему по исполнительным листам претензий составляла 26427 руб., и часть этих взысканий оставалась не погашенной. Несмотря, однако, на неблагоприятное имущественное положение, Шарафов вскоре после своего назначения на должность полицмейстера стал жить на широкую ногу, участвовать в кутежах, вести крупную игру в карты и вообще производить такие траты, которые не соответствовали его расстроенным делам.
Прокурор судебной палаты, усмотрев, что Шарафов навлекает на себя подозрение в совершении многочисленных преступлений по службе, обратился к кронштадтскому военному губернатору с просьбой распорядиться производством предварительного следствия по его делу, а равно и временным устранением Шарафова от должности полицмейстера[68].
Ознакомясь с сообщёнными ему данными, вице-адмирал Макаров со своей стороны потребовал с Шарафова объяснений, а затем уведомил прокурора, что, по его мнению, предъявленные против Шарафова обвинения недостаточны и основаны лишь на доносах неблагонамеренных людей. Вместе с тем вице-адмирал Макаров признал необходимым учредить особую комиссию для проверки действий Шарафова, возложив председательство в этой комиссии на капитана первого ранга Кирсанова и назначить членами в неё коллежского советника Бернгарда и почётного гражданина Карпова. По ознакомлении с результатами произведённой комиссией проверки, военный губернатор пришёл к убеждению в неосновательности взводимых на Шарафова обвинений, а потому и не признал возможным удовлетворить требование прокурорского надзора о возбуждении против полицмейстера уголовного преследования.
Однако, прокурор судебной палаты, имея в виду, что вице-адмирал Макаров ограничился учреждением комиссии для расследования действий Шарафова в административном порядке[69], и имея в виду, что, по полученным сведениям, Шарафов принимает меры, направленные к сокрытию следов совершенных им преступлений, просил обер-прокурора первого департамента Правительствующего Сената предложить о возникшем по делу о Шарафове разномыслии на разрешение Сената.
Рассмотрев собранные прокурорским надзором данные и признав назначение административного расследования о действиях Шарафова неправильными, Правительствующий Сенат 22-го декабря 1903 года определил: предписать произвести предварительно следствие по обвинению Шарафова в растрате вверенных ему по службе сумм, в вымогательства взяток, в лихоимстве, превышении власти и подлогах по службе, устранив вместе с тем Шарафова от занимаемой им должности».