В новом тысячелетии по исследуемой проблеме была издана работа Н.И. Черникова «Энциклопедия речного флота», в которой подробно изложены конструктивные особенности кораблей речных военных флотилий, но отсутствует описание боевых действий, в которых они участвовали. В качестве современной историографии исследуемой проблемы представляют интерес монографии Г.А. Гребенщиковой, связанные с деятельностью российского регулярного Военно-Морского Флота в екатерининскую и николаевскую эпохи — «Российский флот при Николае I» и «Черноморский флот в период правления Екатерины II». Но в них, несмотря на основательный анализ причин, и хода русско-турецких войн XVIII и XIX веков отсутствуют данные о действиях в ходе них российских речных военных флотилий.
Источниковую базу исследования составляют документы из фондов Российского государственного архива Военно-Морского Флота (РГА ВМФ), расположенного в Санкт-Петербурге. В фондах архива были подробно изучены отчеты по созданию, строительству и участию в боевых действиях Каспийской, Днепровской, Донской, Дунайской и Амурской флотилий, проанализированы сведения о целях, задачах и боевых операциях, в которых были задействованы указанные флотилии, отмечена роль, которую они выполняли во всех русско-турецких войнах, русско-японской войне и Первой мировой войне.
В частности, в ходе работы с архивными фондами РГА ВМФ, особенно ценными оказались рапорты и приказы маркиза адмирала И.И. Траверсе, который в то время занимался делами Дунайской флотилии, на имя адмирала П.В. Чичагова. Эти материалы посвящены присылке на Дунайскую флотилию канонерок из финского Роченсальма, когда Финляндия была уже присоединена к Российской империи, из Санкт-Петербурга, Севастополя и Одессы (фонд 315 «Материалы по истории русского флота», фонд 25 «Фонд адмирала маркиза Траверсе»). В других рапортах маркиза де Траверсе содержатся данные постройках судов уже на самом Дунае (фонд 315).
В ходе работы были изучены донесения на имя командующего Дунайской флотилией капитана 2 ранга Попандопуло, приказания, направленные ему генерал-лейтенантом Зисом, в ходе кампании 1809–1810 годов, ее участие во взятии Измаила, боевых действиях под Браиловым, взятием Силистрии и Рущука (фонд 243 «Управление Главного командира Черноморского флота и портов Черного моря», фонд 1047 «Исполнительная экспедиция при управлении Черноморского департамента», фонд 1048 «Артиллерийская экспедиция при Главном управлении Черноморского флота»). Послевоенная судьба Дунайской флотилии также тщательно рассмотрена в рапортах и других документах ее командующего Попандопуло, ставшего к концу войны капитаном 1 ранга (фонд 243).