Изучив документы фондов 8 «Фонд адмиралов Грейгов», 283 «Инспекторский департамент Морского министерства», 315 «Материалы по истории русского флота», 1047 «Исполнительная экспедиция при управлении Черноморского департамента», стало возможным выяснить штатный состав Дунайской флотилии в период русско-турецкой войны 1828–1829 годов. Также благодаря документам перечисленных фондов был изучен вклад флотилии в занятие турецких крепостей на Дунае и успешное завершение войны в 1829 году. В частности, по архивным материалам фонда «Материалы по истории русского флота» было изучено, как благодаря активным боевым действиям Дунайской флотилии в ходе войны российским войскам удалось в ходе кампании 1828 года занять турецкие крепости на Дунае Исакча и Браилов.
Согласно указанным архивным документам, Дунайская флотилия вступила в бой с турецкой флотилией у Мачина и одержала над ней победу. После этого Дунайская флотилия согласно документам фонда «Материалы по истории русского флота» приняла участие в штурме крепости Силистрия, в ходе которого произошла вынужденная смена командующего флотилией — с контр-адмирала Завадовского на капитана 1 ранга Патанийоти. Надо отметить, что взять Силистрию даже с привлечением экипажей Дунайской флотилии и смены командующего на более подготовленного удалось лишь к лету 1829 года. Вскоре после этого война закончилась, и согласно материалам этого фонда, корабли Дунайской флотилии отправились на зимовку в Измаил.
Помимо сведений об участии Дунайской флотилии в боевых действиях архивные документы фондов «Материалы по истории русского флота, «Инспекторский департамент Морского министерства» и «Исполнительная экспедиция при управлении Черноморского департамента», свидетельствуют о получении флотилией турецких судов как призовых после ряда побед на Дунае и динамику изменения их численности в ходе всей войны. Согласно имеющимся в них сведениям Дунайская военная флотилия после окончания этой русско-турецкой войны не была расформирована, как и после Бухарестского мира, завершившего русско-турецкую войну в 1812 году, и продолжила свое существование, лишь уменьшив численность корабельного состава.
Документы РГА ВМФ (фонд 410 «Канцелярия Морского министерства», фонд 1075 «Штаб командира Дунайских портов и флотилии») представляющие собой служебные записки, резолюции и донесения командующего Черноморским флотом, начальника штаба Черноморского флота, командующего Дунайской флотилией позволяют узнать ее численность и задачи, которые она выполняла в Крымскую войну. В частности, в этих архивных документах показано, как с помощью Дунайской флотилии удалось переправить российские сухопутные войска и поддержать их огнём орудий своих судов у Галаца. В ходе данной миссии одному из отрядов кораблей флотилии предстояло пройти мимо турецких крепостей Тульчи и Исакчи в Браилов с наименьшими потерями, что и было исполнено. Дунайская флотилия на первом этапе войны (лето-осень 1853 года) полностью выполнила свою роль, и помогла российским войскам занять румынские земли. Флотилия не только перевезла войска и грузы через Дунай, но и вступала в артиллерийские дуэли с противником, ведя ответный огонь по турецким береговым батареям на Дунае.