Полное перевооружение и укрепление Свеаборга должны были осуществляться в координации с программой строительства флота, то есть как можно быстрее, в течение трех лет с начала реализации программы. Поскольку Главный морской штаб считал Свеаборг базой торпедного флота, административный отдел Генерального штаба запросил штаб военного округа сообщить об организации транспортной системы внутри крепости и как она сочетается с требованиями стратегии плана мобилизации, вступающего в действие в 1910 г. Другими словами, Генеральный штаб подчеркивал значение крепости при обороне со стороны моря, и основной упор им делался на развитие торпедного флота и поддерживающих его укреплений. Для подготовки предложений по этим вопросам была создана комиссия во главе с комендантом Свеаборга. Комиссия подготовила примерный план модернизации крепости и смету расходов, которая составила 50 миллионов руб.
План был направлен командующему 22-м армейским корпусом в октябре 1909 г. секретным письмом № 374. В нем предлагалось усилить фронт обороны со стороны моря, соорудив артиллерийские батареи на отдаленных островах Торра Мяльо, Стура Мяльо и Стура Виллинге. Требовалось усилить оборону портов на материке и островах, а также усилить батареи в Херттониеми и на Друмсэ. Комиссия считала, что реализация этих мер значительно усилит порты крепости и позволит им отражать атаки противника со стороны моря. Торпедные корабли продемонстрировали свою эффективность в ходе войны с Японией, поэтому в июне 1909 г. в Свеаборге началось строительство военного порта, предназначенного для минных заградителей и торпедных кораблей, а также модернизация верфи.
В то же самое время в Государственной думе проходило обсуждение десятилетнего финансового плана на нужды обороны, и в этой связи начальник Генерального штаба 4 июня 1910 г. секретным письмом № 912 напомнил командующему Гвардией и Петербургским военным округом о значении Свеаборга для флота. К сожалению, на его модернизацию было выделено всего 5 млн руб. И чтобы подкрепить свое напоминание, он сослался на указания императора от 18 августа 1909 г., в соответствии с которыми Свеаборг должен оставаться важнейшим опорным пунктом торпедных кораблей. Поэтому необходимо срочно предпринять все действия для реализации этих указаний. Свеаборг должен получить всю необходимую помощь в его переоснащении для нужд флота, чтобы он мог отражать атаки и бомбардировки противника с суши и с моря.
Решением императора ответственность за строительные работы возлагалась на сухопутные войска, которые должны обеспечить господство крепости над Гельсингфорсом и его ближайшими пригородами, поскольку она являлась и опорой российской власти в Финляндии. Торпедный флот должен быть полностью защищен от бомбардировок с материка. А это требовало масштабного расширения фортификационных работ по дуге на материке. Для обороны такого участка суши четырех батальонов пехоты было недостаточно.