Анненков в Семиречье находился на положении местного князька, который, если это было в его интересах, подчинялся центральной власти, а если нет – действовал по собственному усмотрению. Появление дутовцев в Семиречье стало для него неприятным сюрпризом. Приход остатков армии Дутова, охваченных эпидемией тифа, после тяжелейшего Голодного похода, был встречен сравнительно благополучно существовавшими анненковцами крайне враждебно. Дутовцы едва ли усилили армию Анненкова. Уже 19 января 1920 г. белыми был оставлен Сергиополь. Части под сильным давлением войск противника отходили по тракту Сергиополь – Чугучак в Западный Китай. Эпопея белого Семиречья подходила к концу. 27 марта на китайскую территорию перешел отряд атамана Дутова под командованием генерал-майора А.С. Бакича[591], в тот же день на сторону красных перешел вступивший в командование Отдельной Семиреченской армией начальник ее снабжения полковник А.А. Асанов. Он издал приказ о сдаче армии красным, под воздействием которого многие части действительно сдались[592]. После этого продолжение борьбы в Семиречье становилось совершенно бессмысленной жертвой. Весной 1920 г. Семиречье пришлось оставить, анненковцы ушли в Китай, причем часть их позднее попала на Дальний Восток.
На Дальнем Востоке на протяжении 1919–1922 гг. с переменным успехом продолжалась борьба с красными партизанами. Колчак так и не смог подавить сепаратизм местных атаманов. Ни одной части на Восточный фронт дальневосточное казачество не дало. Колчаку оставалось лишь, задабривая атаманов высокими назначениями, использовать их в контрпартизанской борьбе. Летом 1919 г. в Забайкалье даже установилась линия фронта, однако благодаря агитации на сторону партизан перешли некоторые казачьи части. Казаки двух сотен 1-го Забайкальского казачьего полка перебили своих офицеров и ушли к противнику. В ответ на это Г.М. Семенов издал приказ о расстреле на месте казаков, попадавших в плен к белым. Осенью 1919 г. казаки совместно с японцами предприняли масштабный рейд против забайкальских партизан. Тем не менее одержанные частные успехи не привели к каким-либо серьезным переменам. Осенью 1920 г. Забайкалье было оставлено белыми. Борьба с партизанским движением на огромных пространствах Дальнего Востока была крайне затруднительна для малочисленных белых сил. То же самое испытали и красные – вплоть до середины 1920-х гг. белоказачьи отряды осуществляли рейды в Забайкалье с территории Китая.
В жизни иркутского казачества 1919 г. был отмечен конфликтом Войскового атамана генерал-майора П.П. Оглоблина с командующим войсками Иркутского военного округа генерал-лейтенантом В.В. Артемьевым, арестовавшим иркутского атамана за самоуправство. Атаман Оглоблин боролся за официальное признание Иркутского казачьего войска. Колчаковское правительство узаконило статус войска 10 июня 1919 г. После этого Оглоблин, неадекватно понявший свое новое положение, решил подчинить себе Иркутский казачий полк, входивший в состав Сводной казачьей бригады генерал-майора И.Ф. Шильникова. Через голову последнего Оглоблин тайно сменил командира полка, назначив вместо полковника П.И. Войлошникова другого полковника, оренбуржца А.Г. Бычкова. Подобное вмешательство представителя гражданской администрации (хотя и с правами командира отдельного корпуса), каким являлся атаман, встретило резкий отпор как со стороны командира бригады, так и со стороны командующего войсками округа. В начале июля 1919 г. Оглоблин и некоторые другие представители казачьей администрации были арестованы. 28 июля в Иркутск прибыла следственная комиссия под председательством генерал-лейтенанта В.В. фон Нотбека для расследования инцидента, подтвердившая обоснованность обвинений в отношении Оглоблина. Тем не менее вскоре при помощи влиятельного оренбургского атамана Дутова Оглоблин был освобожден из-под ареста. В 1920 г. Иркутское войско, несмотря на попытку атамана Оглоблина подчеркнуть свою лояльность красным, было ликвидировано, а сам атаман арестован, но спустя полгода выпущен на свободу. В то же время иркутские казаки в 1920-е гг. приняли активное участие в антибольшевистском повстанческом движении