У Иоанна Каппадокийского имелись свои шпионы при дворе, и он знал, какая опасность ему грозит. Отравители, лучники и кинжальщики Петра Барсиамса держались от него на безопасном расстоянии, ибо охрана Иоанна сжимала его в объятиях еще крепче, чем «непристойные удовольствия». Массы ненавидели его. Но «их ропот только укреплял резолюции Юстиниана», и в течение десяти лет здоровье Иоанна избегало последствий как от его излишеств, так и от «деспотического правления».
Непоколебимая жизненная хватка префекта, его работа и восхищение Юстиниана ставили в тупик все темные замыслы, и поэтому Феодора с легким опасением перешла от насилия к интригам. Гораздо быстрее было бы заколоть Иоанна или добавить змеиный яд в вино, которое он пил. Однако у императрицы всегда в избытке имелись сообщники и союзники, на которых она могла положиться. Феодора посоветовалась со своей подругой, Антониной, женой Велизария, и заговор, состряпанный обеими знатными дамами, был точно нацелен на нанесение удара Иоанну через его дочь Евфимию. Иоанн, как они знали, обожал свою дочь и был готов выполнить любое ее желание. Один известный прорицатель также сыграл на руку Феодоре, поощряя веру Иоанна в то, что однажды он сам взойдет на императорский трон.
Антонина пришла к Евфимии и намекнула, что Велизарий, победоносный полководец Юстиниана, недоволен своими вознаграждениями и намеревается выступить против императора. Почему бы отцу Евфимии не действовать заодно с Велизарием, ведь вместе они легко могли бы свергнуть Юстиниана? «Иоанн, который, возможно, знал цену клятвам и обещаниям, поддался искушению и согласился на ночное и едва ли не предательское свидание с женой Велизария. Из евнухов и стражников по приказу Феодоры была устроена засада». Но «виновного министра спасла преданность его свиты». Хотя, скорее всего, Иоанна спасло предупреждение, полученное от самого Юстиниана или от одного из его шпионов, который по случайности не был подотчетен Феодоре. Однако эта неумолимая интриганка собрала достаточно доказательств, дабы убедить Юстиниана в готовящемся предательстве со стороны его фаворита. Иоанна «принесли в жертву супружеской обеспокоенности или домашнему спокойствию». Он был вынужден подчиниться приказу, хотя дружба императора «смягчила его позор, и он сохранил в снисходительном изгнании в Кизике значительную долю своих богатств».
Вполне уместная ирония судьбы заключалась в том, что жене Велизария следовало исхитриться и погубить Иоанна, поскольку ранее он уничтожил одну из самых лучших армий византийского полководца. Согласно римской военной практике, хлеб или сухари для солдат дважды готовили в печи, и «уменьшение на одну четверть спокойно допускалось из-за потери веса». Чтобы получить «мизерную прибыль» и сэкономить на дровах, Иоанн, как префект, приказал, чтобы муку для экспедиции Велизария «слегка пропекали на том же огне, который согревал константинопольские бани». Когда «мешки открыли, эту клейкую заплесневелую мастику распределили» в войсках, которые питались этой «нездоровой пищей, а при содействии жаркого климата» вскоре были охвачены эпидемией и мерли как мухи. Неудивительно, что мстительность врагов Иоанна было не так легко утолить и что агенты Феодоры искали и нашли «достойный предлог» в убийстве старого врага Иоанна, епископа Кизика.