Огонь «Жемчуга» и «Изумруда» несколько проредил правый фланг японской цепи, чем воспользовались транспорты, начав склоняться к югу в образовавшуюся прореху. Вскоре им удалось выбить еще одного миноносца, потерявшего ход, но почти сразу голова обоза сошлась с противником в упор. Именно в этот напряженнейший момент взорвался выскочивший на мель «Изумруд», а японцы выпустили еще несколько торпед.
Сколько их было, никто сказать не мог. Две из них видели, когда они проскочили между крейсерами, безвредно уйдя к берегу, а одна угодила в нос «Владимира Мономаха» почти сразу за форштевнем. Взрывом сорвало якорь с полки и выбросило его в воду, оборвав цепь, а таранный шпирон свернуло вправо, отчего шедший на полном ходу крейсер резко бросило в правую циркуляцию. В пробоину хлынула вода.
Кроме торпеды в «Мономаха» попало еще несколько мелких снарядов с миноносцев. Нанести серьезного урона они не могли, из-за незначительного калибра, но близким разрывом одного из них был сильно контужен в голову командир крейсера капитан первого ранга Попов, находившийся не в рубке, а прямо на мостике, чтобы лучше видеть, что творится вокруг. Фуражку сбило с его головы и буквально разодрало в клочья. Осколком сильно рассекло лоб, и кровь заливала ему глаза, но он, прижав к ране быстро промокший носовой платок, оставался в сознании и еще какое-то время продолжал командовать кораблем.
Считая свой крейсер уже потопленным, он приказал сбавить обороты, чтобы уменьшить напор воды, и править к берегу, надеясь приткнуться к отмели. «Мономах» плохо слушался руля и быстро садился носом, но продолжал часто стрелять по миноносцам. Несмотря на быстро прибывавшую воду, все же удалось добраться до мыса Эбошизаки и выброситься на его отмели меньше чем в полумиле западнее сильно горящего «Изумруда».
Здесь Попов приказал прекратить огонь и покинуть корабль. Этот приказ вызвал недоумение у старшего артиллериста лейтенанта Нозикова и вахтенного начальника лейтенанта Мордвинова 2-го, бывших в этот момент на мостике. Они считали, что нужно продолжать бой, ведь артиллерия еще действует. К ним сразу присоединился старший штурман лейтенант князь Максутов, заявивший, что крейсер надежно сидит на камнях и скорая гибель ему не грозит, если, конечно, не подорвут миной, как «Изумруд».
Вскоре стало ясно, что командир «не в себе» из-за ранения и контузии. Он едва стоял на ногах и начал явно заговариваться, теряя связь с реальностью. Его отправили в рубку и там основательно перевязали рану на голове, а из низов, где он выяснял серьезность повреждений, вызвали старшего офицера капитана второго ранга Ермакова. Поднявшись на мостик, он принял командование, а командира под присмотром младшего судового врача Лободы и священника отца Аполинария свели вниз.