Между тем новая власть не то совершенствовала свои структуры, не то плодила бюрократию, — как раз в эти дни было организовано Управление делами Северного фронта во главе с комиссаром Б. П. Позерном. Заслушав мнение руководителей КРО, он создал свою комиссию, которая подтвердила необходимость борьбы со шпионажем в полосе фронта — и отделение продолжало работу тем же обновленным после реформирования составом.
В то же самое время, вне зависимости от реорганизации центрального аппарата, шла реорганизация контрразведывательных органов в армиях и корпусах Северного фронта — везде по-своему. Например, в начале декабря по постановлению президиума Исполнительного комитета 12-й армии были арестованы сотрудники армейского КРО, обвиненные в продолжении антибольшевистской деятельности: в документации отделения были обнаружены «досье» на большевиков, записи их переговоров с Петроградом. Но меньшевики и правые эсеры, также входившие в Исполком, обвинили большевиков в том, что они лишают армию «глаз и ушей», а потому через несколько дней часть арестованных была освобождена и вновь приступила к исполнению своих обязанностей, а других сотрудников заменили пробольшевистски настроенными людьми.
В 1-й армии Северного фронта вообще были ликвидированы все контрразведывательные пункты — сохранилось лишь КРО штаба.
Зато контрразведка дислоцированного на территории Финляндии 42-го армейского корпуса «демократизировалась» еще до революции, и потому комиссия Военно-революционного комитета корпуса решила КРО сохранить и использовать в интересах революционной власти, очистив от «нежелательных элементов»…
Аналогичные процессы происходили и на других фронтах, но не столь быстро и радикально.
К середине декабря большевики фактически переподчинили себе военную контрразведку действующей армии, не в лучшую сторону изменив ее кадровый и организационный состав, существенно разрушив налаженную систему. Чаще всего «самостоятельная инициатива на местах» вела к анархической ликвидации контрразведывательных органов и, как следствие, к невозможности борьбы с иностранным шпионажем. В создавшейся ситуации руководство вооруженных сил решило взять управление процессом в свои руки.
Пятнадцатого декабря исполняющий обязанности Верховного главнокомандующего А. Ф. Мясников подписал приказ № 986, в котором подчеркивалась существенная необходимость военной контрразведки в действующей армии в период боевых действий для борьбы с разведкой противника, но говорилось, что «в период перемирия и ведения мирных переговоров органы контрразведки могут быть значительно сокращены». Центром тяжести контрразведывательной деятельности были определены войска, занимающие боевые позиции. «Главным образом контрразведка должна препятствовать противнику проникать вглубь корпуса в нарушение установленных договором о перемирии условий, а в случае обнаружения таковых нарушений принимать надлежащие меры пресечения возможности разведывать наше расположение». В штабах фронтов, армий и военных округов сохранялись сравнительно небольшие по штату отделения, а КРО штаба Главковерха и ряд контрразведывательных пунктов было предписано сократить, но оговаривалось, что некоторые из них можно сохранить, если сочтут это целесообразным командующие фронтами.