К приказу были приложены штаты, в соответствии с которыми предусматривалось иметь во фронтовых и армейских КРО по 20 человек — из них 10 наблюдателей, в корпусной контрразведке — 15 человек, в том числе 10 наблюдателей. Таким образом, упор был сделан на сохранение оперсостава, тогда как в контрразведывательной части Ставки и в контрразведывательных отделениях штабов округов наблюдателей иметь не полагалось, а штат этих руководящих подразделений должен был состоять из девяти человек. Был узаконен институт комиссаров: «Для того чтобы контрразведка была использована в истинных целях революционной армии, предлагаю корпусным, армейским, фронтовым или соответствующим им военно-революционным комитетам обязательно иметь при контрразведывательных органах своих комиссаров». Отныне все изменения в численном составе контрразведывательных органов были возможны только с разрешения Верховного главнокомандующего.
Была определена и субординация контрразведывательных органов: фронтовая контрразведка руководила армейскими КРО, а те, в свою очередь, корпусными, которым в случае необходимости должны были также помогать своими силами; КРО прифронтовых округов контролировали деятельность местных контрразведывательных пунктов; КРЧ Ставки отводилась роль «высшего технического и контролирующего органа» на театре военных действий. Специальным пунктом приказа оговаривался порядок демобилизации контрразведывательных органов, сдачи ими документов и денежных сумм.
Приказом № 986 была начата реальная реорганизация военной контрразведки в условиях, когда фронт еще держала армия старого режима. Существующие отделения могли функционировать более или менее нормально, воссоздавались поспешно ликвидированные, а утверждение новых штатов существенно облегчало управление аппаратом военной контрразведки, значительно сокращая расходы на его содержание.
Конечно, наивно было бы думать, что большевистское руководство ни с того ни с сего прозрело и решило наладить систему военной контрразведки — так сказать, впрок. Нет, это сложившаяся в стране кризисная обстановка потребовала ответных мер со стороны советского правительства.
Двадцатого декабря 1917 года постановлением Совнаркома при СНК была создана Чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией и саботажем, которую возглавил секретарь ЦК РКП(б) и член Президиума ВЦИК Ф. Э. Дзержинский.
Дзержинский Феликс Эдмундович (1877–1926). Профессиональный революционер, член ЦК РСДРП(б) с 1907 года. Создатель и первый председатель ВЧК, нарком внутренних дел. С августа 1919 года по июль 1920-го — председатель Особого отдела ВЧК. Одновременно с 1921 года — нарком путей сообщения; с 1923 года — член Совета труда и обороны СССР, председатель коллегии Объединенного государственного политического управления при СНК СССР (ОГПУ), с 1924 года — председатель Высшего совета народного хозяйства (ВСНХ) СССР.